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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何从不同测序深度的样品中随机抽取相同数量的序列
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lemian

木虫 (正式写手)

[求助] 如何从不同测序深度的样品中随机抽取相同数量的序列

我想请教一个问题，我用高通量测了很多样品，每个样品的reads数差别很大，我想在每个样品中随机抽取相同数量的序列进行后续分析（比如每个样品都随机抽取2万个reads）。请问用什么方法或者软件可以实现随机抽取？还请您给出具体操作步骤，最好容易一点的。
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1楼 2013-10-28 23:31:58
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lemian

木虫 (正式写手)
顺便说一下，测序公司给我的数据就是一个OTU的丰度表。
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2楼2013-10-28 23:34:29
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lemian

木虫 (正式写手)
没有人做过吗？

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3楼2013-10-29 11:54:00
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lingonghua

铁杆木虫 (正式写手)
虽然我是菜鸟，弱弱问一句，高通量测序给出的reads不是随机的吗，那么，直接从其中剁一块出来就可以了嘛
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4楼2013-11-02 17:14:40
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lemian

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lingonghua at 2013-11-02 17:14:40
虽然我是菜鸟，弱弱问一句，高通量测序给出的reads不是随机的吗，那么，直接从其中剁一块出来就可以了嘛

问题在于你如何“剁”。用手动的方法太费时间。我现在是用SPSS里面的随机抽样来做，也很费时间。
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5楼2013-12-04 23:14:52
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

为什么会麻烦呢？ 在每个样品测序行数的范围内随机生成2万不重复的数字， 然后把这些行的reads提出来。
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6楼2013-12-04 23:24:07
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hongcosb

铜虫 (小有名气)
已经解决了吗？我也遇到同样的问题，急急急！
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7楼2014-08-18 10:53:21
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lemian

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hongcosb at 2014-08-18 10:53:21
已经解决了吗？我也遇到同样的问题，急急急！

用了很笨的方法，SPSS的随机抽取。用muthur qiime应该是可以的，比较快。

[ 发自小木虫客户端 ]
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8楼2014-08-18 12:19:14
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