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lemian

木虫 (正式写手)

[求助] 如何从不同测序深度的样品中随机抽取相同数量的序列

我想请教一个问题,我用高通量测了很多样品,每个样品的reads数差别很大,我想在每个样品中随机抽取相同数量的序列进行后续分析(比如每个样品都随机抽取2万个reads)。请问用什么方法或者软件可以实现随机抽取?还请您给出具体操作步骤,最好容易一点的。
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lemian

木虫 (正式写手)

顺便说一下,测序公司给我的数据就是一个OTU的丰度表。
2楼2013-10-28 23:34:29
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lemian

木虫 (正式写手)

没有人做过吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-10-29 11:54:00
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lingonghua

铁杆木虫 (正式写手)

虽然我是菜鸟,弱弱问一句,高通量测序给出的reads不是随机的吗,那么,直接从其中剁一块出来就可以了嘛
4楼2013-11-02 17:14:40
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lemian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lingonghua at 2013-11-02 17:14:40
虽然我是菜鸟,弱弱问一句,高通量测序给出的reads不是随机的吗,那么,直接从其中剁一块出来就可以了嘛

问题在于你如何“剁”。用手动的方法太费时间。我现在是用SPSS里面的随机抽样来做,也很费时间。
5楼2013-12-04 23:14:52
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

为什么会麻烦呢? 在每个样品测序行数的范围内随机生成2万不重复的数字, 然后把这些行的reads提出来。
6楼2013-12-04 23:24:07
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hongcosb

铜虫 (小有名气)

已经解决了吗?我也遇到同样的问题,急急急!
7楼2014-08-18 10:53:21
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lemian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hongcosb at 2014-08-18 10:53:21
已经解决了吗?我也遇到同样的问题,急急急!

用了很笨的方法,SPSS的随机抽取。用muthur qiime应该是可以的,比较快。

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-08-18 12:19:14
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