24小时热门版块排行榜    

查看: 1913  |  回复: 7

lemian

木虫 (正式写手)

[求助] 如何从不同测序深度的样品中随机抽取相同数量的序列

我想请教一个问题,我用高通量测了很多样品,每个样品的reads数差别很大,我想在每个样品中随机抽取相同数量的序列进行后续分析(比如每个样品都随机抽取2万个reads)。请问用什么方法或者软件可以实现随机抽取?还请您给出具体操作步骤,最好容易一点的。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)

顺便说一下,测序公司给我的数据就是一个OTU的丰度表。
2楼2013-10-28 23:34:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)

没有人做过吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-10-29 11:54:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingonghua

铁杆木虫 (正式写手)

虽然我是菜鸟,弱弱问一句,高通量测序给出的reads不是随机的吗,那么,直接从其中剁一块出来就可以了嘛
4楼2013-11-02 17:14:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lingonghua at 2013-11-02 17:14:40
虽然我是菜鸟,弱弱问一句,高通量测序给出的reads不是随机的吗,那么,直接从其中剁一块出来就可以了嘛

问题在于你如何“剁”。用手动的方法太费时间。我现在是用SPSS里面的随机抽样来做,也很费时间。
5楼2013-12-04 23:14:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

为什么会麻烦呢? 在每个样品测序行数的范围内随机生成2万不重复的数字, 然后把这些行的reads提出来。
6楼2013-12-04 23:24:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongcosb

铜虫 (小有名气)

已经解决了吗?我也遇到同样的问题,急急急!
7楼2014-08-18 10:53:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hongcosb at 2014-08-18 10:53:21
已经解决了吗?我也遇到同样的问题,急急急!

用了很笨的方法,SPSS的随机抽取。用muthur qiime应该是可以的,比较快。

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-08-18 12:19:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lemian 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化工专硕342,一志愿大连理工大学,求调剂 +5 kyf化工 2026-02-28 6/300 2026-03-02 10:45 by yuchj
[考研] 材料工程专硕283求调剂 5+4 ,!? 2026-03-02 4/200 2026-03-02 10:39 by 北京莱茵润色
[考研] 275求调剂 +3 L-xin? 2026-03-01 6/300 2026-03-02 10:22 by 热情沙漠
[考研] 0854复试调剂 276 +4 wmm9 2026-03-01 6/300 2026-03-02 09:28 by 热情沙漠
[考研] 0857调剂 +4 一ll半 2026-02-28 5/250 2026-03-02 02:33 by 908055542
[考研] 279求调剂 +3 dua1 2026-03-01 4/200 2026-03-02 00:23 by 大脸蛋子
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分,求调剂 +5 wsl111 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:45 by 暮雨星晴
[考研] 26考研报考西工大材料308分求调剂 +3 weizhong123 2026-03-01 3/150 2026-03-01 21:42 by 公瑾逍遥
[考研] 272求调剂 +6 材紫有化 2026-02-28 6/300 2026-03-01 18:58 by 18137688336
[考研] 0856材料求调剂 +11 hyf hyf hyf 2026-02-28 12/600 2026-03-01 18:57 by 18137688336
[考研] 295求调剂 +7 19171856320 2026-02-28 7/350 2026-03-01 18:54 by 18137688336
[考博] 26申博 +4 想申博! 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博!
[考研] 281求调剂 +4 2026计算机_诚心 2026-03-01 7/350 2026-03-01 17:20 by 2026计算机_诚心
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧? +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见