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yuren2009

木虫 (正式写手)

[求助] 我想进行引物的特异性检验,进入primer-blast,怎么设置一些相关参数?

我想进行引物的特异性检验,进入primer-blast,怎么设置一些参数?结果如何分析?直接在序列框中输入上空格分开下游引物blast的结果有其他的菌,但是分值低,有些是单条匹配,能说明特异性差么?
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学习使你立于不败之地
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笨熊zhou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yuren2009: 金币+5 2013-11-11 17:10:12
利用引物扩增不同的DNA片段试试,
每天对着镜子开心一笑
2楼2013-11-11 15:24:06
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yuren2009: 金币+5 2013-11-11 17:14:09
其实用primer-blast也很简单的,大部分参数不用动,选择好物种就可以了

我想进行引物的特异性检验,进入primer-blast,怎么设置一些相关参数?
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2013-11-11 16:54:19
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yuren2009

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2013-11-11 16:54:19
其实用primer-blast也很简单的,大部分参数不用动,选择好物种就可以了

这个是验证与目标物种的DNA匹配情况吧?我想验证对多种序列或大范围内的特异性,还在这里输入?
学习使你立于不败之地
4楼2013-11-11 17:14:00
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

引用回帖:
4楼: Originally posted by yuren2009 at 2013-11-11 17:14:00
这个是验证与目标物种的DNA匹配情况吧?我想验证对多种序列或大范围内的特异性,还在这里输入?...

你不应该用primer blast,直接基因引物序列进行blast就可以了,不知道你究竟想做什么

我想进行引物的特异性检验,进入primer-blast,怎么设置一些相关参数?-1
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2013-11-11 17:24:37
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yuren2009

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gyesang at 2013-11-11 17:24:37
你不应该用primer blast,直接基因引物序列进行blast就可以了,不知道你究竟想做什么

...

Optimize for Somewhat similar sequences (blastn)后出现的--Algorithm parameters-设置不确定,页面库各个时候不同。
学习使你立于不败之地
6楼2013-11-11 18:51:24
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Libra-z

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gyesang at 2013-11-11 17:24:37
你不应该用primer blast,直接基因引物序列进行blast就可以了,不知道你究竟想做什么

...

小虫大神好,有个问题想请教一下,我想设计小鼠特异的一段引物,这个引物只能扩增出小鼠的序列,而不是其他生物的,如:微生物、猫……。请问怎么blast喃?看到您曾经的应助帖感觉您知道,这个问题实在困扰太久,不知小虫大神是否有时间可以回复?
7楼2015-10-23 20:03:47
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