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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 初学者求助-分子对接 问题
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monsoncupid

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 珍维永久 at 2013-10-31 14:48:20
不是ligands未加氢，如果我不处理这一步，我在定义蛋白的时候就会弹出该警示框，那我直接定义sphere不用管这个就可以是吗？...

你monitor的结果是啥，发现缺键的原子是啥了么？你可以手动补上啊
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
11楼2013-10-31 19:07:57
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-31 19:07:57
你monitor的结果是啥，发现缺键的原子是啥了么？你可以手动补上啊...

monitor的结果是蛋白上的分子少原子，如果手动的话太多了，所以不知道该怎么进行了。
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12楼2013-11-01 13:43:16
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monsoncupid

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 珍维永久 at 2013-11-01 13:43:16
monitor的结果是蛋白上的分子少原子，如果手动的话太多了，所以不知道该怎么进行了。...

缺的那么多啊？你蛋白忘记加氢了吧，再不就是你PDB文件本身有问题，你clean protein 过么？
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
13楼2013-11-01 16:59:55
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putaosong

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-25 20:16:02
这个是截图，设置好之后再clean protein就行了

a3.png

为什么我也是这样做的，可是结果还是一样，求帮忙……
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我不生气，不代表我不伤心，我不哭，不代表我不心痛……
14楼2014-08-25 17:03:43
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wenhui1024

铜虫 (正式写手)
我也遇到同样的问题，但之前我也按照clean protein步骤处理过。
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15楼2018-05-24 10:39:51
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kenryuwin

金虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by putaosong at 2014-08-25 17:03:43
为什么我也是这样做的，可是结果还是一样，求帮忙……...

想请教一下，clean protein 如何运行啊，设置完感谢apply后 好像不起作用，谢谢回复！
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16楼2018-05-31 10:49:32
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