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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 初学者求助-分子对接 问题

最近想学习DS中的Flexible Docking,可是定义蛋白时就出现问题了,请教各位大侠了!
      我从PDB数据库中下载下来蛋白的复合物,将其中的水分子和配体都删除了,也对其进行了加氢处理,在定义蛋白为受体的时候出现“The selected molecule contains alternate conformation. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.”可是我不知道从哪可以删除构象啊。
     麻烦大家帮我看看啊,附件里是我DS中的蛋白。
初学者求助-分子对接 问题
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珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-29 15:26:51
这个就是你的受体分子中有未完成的共价键,monitor的用意是告诉你那个缺键的原子在哪里,一般情况来讲可能是ligands未加氢,手动加上去就行了,一般不用管它也可以...

不是ligands未加氢,如果我不处理这一步,我在定义蛋白的时候就会弹出该警示框,那我直接定义sphere不用管这个就可以是吗?
10楼2013-10-31 14:48:20
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:29:48
这个好办,只要clean protein就行了,需要注意的是clean protein 的参数需要设置,在edit→preference→protein ultilities→clean protein 在里面把能够选的都勾上,其中有一项名字叫correct problems→alternate conformation,只要把它选上你这个问题就解决了
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
2楼2013-10-25 19:11:03
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:30:02
珍维永久: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-11-04 21:20:25
这个是截图,设置好之后再clean protein就行了
初学者求助-分子对接 问题-1
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宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
3楼2013-10-25 20:16:02
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珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-25 20:16:02
这个是截图,设置好之后再clean protein就行了

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O(∩_∩)O谢谢,能不能给我介绍一下做分子对接的一般步骤呢,最好能详细点,我自己找的资料感觉缺少好多步骤呢,谢谢了。
4楼2013-10-25 20:47:51
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