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伽罗佤

银虫 (初入文坛)

[求助] 用pbs提交gamess作业时出错

如题，出错信息如下：
   ----- GAMESS execution script 'rungms' -----
This job is running on host node5
under operating system Linux at Mon Oct 21 11:55:18 CST 2013
PBS has assigned the following compute nodes to this run:
node5
Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is
df: `/scratch/7828.node11': No such file or directory
df: no file systems processed
计算帐号在11节点，pbs提交任务后随机分配节点为node5，这个暂存目录是rungms脚本程序设定的，可做修改，但不知如何设定。更改为存在的/scr/~目录后，出现同样问题，猜测为rungms脚本缺少相应目录与对应节点硬盘的挂载操作指令。linux相关原理也只是自己找了点资料了解了下而已，求专家指点，不甚感激！
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1楼2013-10-21 15:40:18
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伽罗佤

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-01 12:10:30
这和rungms关系不大，你要到你的集群查一下计算节点local scratch的路径规则。一般集群的网页上会告诉你怎么在任务里找到临时文件系统的。这基本都是管理员依据个人喜好设置的，所以每个地方都不同，我用过的一般是 ...

谢谢你的回复，虽然问题之前已经自行解决了。还是想分享下解决办法，供做比较。
首先是临时目录$SCR出了问题，我的PBS脚本里面有在临时系统文件建立文件夹JOBID.NODE11的指令，之前SCR并不在我账号home路径之下，所以没权限建立这样的目录；第二个问题是rungms脚本里面，环境变量输出部分的一系列JOB.*文件，这里的JOB全部用PBS_JOBID.*替代掉了才解决文件的路径问题。问题就次解决了，你定义的$SCRATCH指向本地 scratch所以不会出问题，但我的一开始就没设置在本地路径中，至于你说和rungms脚本无关，我的不进行以上替换，提交作业后就显示路径出问题了。这个差别我暂时想不到原因，但是能不改脚本直接提交作业应该是更合理的吧。
再次谢谢分析支招，非常有用！
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3楼2013-11-01 20:07:32
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virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2013-11-01 16:11:25
伽罗佤: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-11-08 23:02:13
这和rungms关系不大，你要到你的集群查一下计算节点local scratch的路径规则。一般集群的网页上会告诉你怎么在任务里找到临时文件系统的。这基本都是管理员依据个人喜好设置的，所以每个地方都不同，我用过的一般是定义一个$SCRATCH环境变量自动指向local scratch目录。

如果你的集群有所有节点共享的scratch文件系统的话你可以在公用scratch提交任务，然后用$PBS_O_WORKDIR变量找到提交文件的文件夹。你也可以用$PBS_NODEFILE找到当前节点/节点组的定义文件
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2楼2013-11-01 12:10:30
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virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 伽罗佤 at 2013-11-01 07:07:32
谢谢你的回复，虽然问题之前已经自行解决了。还是想分享下解决办法，供做比较。
首先是临时目录$SCR出了问题，我的PBS脚本里面有在临时系统文件建立文件夹JOBID.NODE11的指令，之前SCR并不在我账号home路径之下， ...

运行rungms所在的目录会被设置为临时目录。
JOB是rungms的第一个输入变量。在你的pbs运行脚本里可以为rungms指定这个变量的值。如果要JOB的值取PBS_JOBID的话，你可以试试这样调用rungms

rungms $PBS_JOBID > $PBS_JOBNAME.log
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4楼2013-11-01 23:58:10
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vividelife

银虫 (小有名气)
送红花一朵
可否提供修改好的rungms和pbs脚本呢，参考下，谢谢！
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6楼2014-03-22 14:10:20
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