| 查看: 1499 | 回复: 5 | |||
[求助]
用pbs提交gamess作业时出错
|
|
如题，出错信息如下： ----- GAMESS execution script 'rungms' ----- This job is running on host node5 under operating system Linux at Mon Oct 21 11:55:18 CST 2013 PBS has assigned the following compute nodes to this run: node5 Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is df: `/scratch/7828.node11': No such file or directory df: no file systems processed 计算帐号在11节点，pbs提交任务后随机分配节点为node5，这个暂存目录是rungms脚本程序设定的，可做修改，但不知如何设定。更改为存在的/scr/~目录后，出现同样问题，猜测为rungms脚本缺少相应目录与对应节点硬盘的挂载操作指令。linux相关原理也只是自己找了点资料了解了下而已，求专家指点，不甚感激！ |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
vividelife» 猜你喜欢
基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书
已经有9人回复
-
哈尔滨工业大学（深圳）绿色化学团队招收2026年秋季入学博士生
已经有11人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有144人回复
-
澳大利亚昆士兰科技大学PhD博士奖学金
已经有0人回复
-
【211博士招生】环境化学、地学、毒理方向，擅长污染物迁移转化降解、计算模拟者优先
已经有17人回复
-
求助如何利用vasp计算磁光克尔效应
已经有1人回复
-
070300总分298求调剂
已经有2人回复
-
一志愿厦门大学化学学硕307求调剂
已经有10人回复
-
理论与计算化学方向调剂——初试388分（数学144）
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求：用PBS脚本提交MS任务具体步骤
已经有4人回复
- gamess的pbs脚本！
已经有6人回复
virtualzx
木虫 (著名写手)
- QC强帖: 2
- 应助: 263 (大学生)
- 金币: 7161.3
- 红花: 54
- 帖子: 1605
- 在线: 317.6小时
- 虫号: 2069080
- 注册: 2012-10-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2013-11-01 16:11:25
伽罗佤: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-11-08 23:02:13
gmy1990: 金币+3 2013-11-01 16:11:25
伽罗佤: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-11-08 23:02:13
|
这和rungms关系不大，你要到你的集群查一下计算节点local scratch的路径规则。一般集群的网页上会告诉你怎么在任务里找到临时文件系统的。这基本都是管理员依据个人喜好设置的，所以每个地方都不同，我用过的一般是定义一个$SCRATCH环境变量自动指向local scratch目录。 如果你的集群有所有节点共享的scratch文件系统的话你可以在公用scratch提交任务，然后用$PBS_O_WORKDIR变量找到提交文件的文件夹。你也可以用$PBS_NODEFILE找到当前节点/节点组的定义文件 |
2楼2013-11-01 12:10:30
|
谢谢你的回复，虽然问题之前已经自行解决了。还是想分享下解决办法，供做比较。 首先是临时目录$SCR出了问题，我的PBS脚本里面有在临时系统文件建立文件夹JOBID.NODE11的指令，之前SCR并不在我账号home路径之下，所以没权限建立这样的目录；第二个问题是rungms脚本里面，环境变量输出部分的一系列JOB.*文件，这里的JOB全部用PBS_JOBID.*替代掉了才解决文件的路径问题。问题就次解决了，你定义的$SCRATCH指向本地 scratch所以不会出问题，但我的一开始就没设置在本地路径中，至于你说和rungms脚本无关，我的不进行以上替换，提交作业后就显示路径出问题了。这个差别我暂时想不到原因，但是能不改脚本直接提交作业应该是更合理的吧。 再次谢谢分析支招，非常有用！  |
3楼2013-11-01 20:07:32
virtualzx
木虫 (著名写手)
- QC强帖: 2
- 应助: 263 (大学生)
- 金币: 7161.3
- 红花: 54
- 帖子: 1605
- 在线: 317.6小时
- 虫号: 2069080
- 注册: 2012-10-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-11-01 23:58:10
5楼2013-11-02 12:13:50
vividelife
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4.2
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 248
- 在线: 123.2小时
- 虫号: 560213
- 注册: 2008-05-19
- 专业: 电化学
6楼2014-03-22 14:10:20
5