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用pbs提交gamess作业时出错
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如题，出错信息如下： ----- GAMESS execution script 'rungms' ----- This job is running on host node5 under operating system Linux at Mon Oct 21 11:55:18 CST 2013 PBS has assigned the following compute nodes to this run: node5 Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is df: `/scratch/7828.node11': No such file or directory df: no file systems processed 计算帐号在11节点，pbs提交任务后随机分配节点为node5，这个暂存目录是rungms脚本程序设定的，可做修改，但不知如何设定。更改为存在的/scr/~目录后，出现同样问题，猜测为rungms脚本缺少相应目录与对应节点硬盘的挂载操作指令。linux相关原理也只是自己找了点资料了解了下而已，求专家指点，不甚感激！ |
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已经有4人回复- gamess的pbs脚本！
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virtualzx
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这和rungms关系不大，你要到你的集群查一下计算节点local scratch的路径规则。一般集群的网页上会告诉你怎么在任务里找到临时文件系统的。这基本都是管理员依据个人喜好设置的，所以每个地方都不同，我用过的一般是定义一个$SCRATCH环境变量自动指向local scratch目录。 如果你的集群有所有节点共享的scratch文件系统的话你可以在公用scratch提交任务，然后用$PBS_O_WORKDIR变量找到提交文件的文件夹。你也可以用$PBS_NODEFILE找到当前节点/节点组的定义文件 |
2楼2013-11-01 12:10:30
virtualzx
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