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gyc2011

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新手求助高斯输入文件写法,求大神帮忙

高斯的大神们,小弟菜鸟一枚,学的生物信息,最近课题需要涉及到量化计算,学高斯2天,想用QST2法求过渡态,我用的高斯09版,我自己写的输入文件如下,求大神指教为什么跑不起来.
  
文件如下:
#T HF/6-311g(d,p) opt=QST2 Test

H3H2COH->CH2CH2 Reactions

0,2
C   0.00000000    0.00000000    0.00000000
C   1.50025000    0.00000000    0.00000000
H  -0.39511400    1.04493100    0.00000000
H  -0.39533600   -0.52234200   -0.90492200
H  -0.39539500   -0.52238700    0.90486300
H   1.89575000   -1.04467900    0.00006000
H   1.89527200    0.52254200   -0.90497800
Zn  2.64522939    1.51476738    2.62281261
H   4.19486823    1.49803410    2.59383901
H   2.14447048    2.98161913    2.63211125
H   2.14444092    0.78976911    3.89799432
O   2.00166469    0.66335397    1.14859428
H   2.88510506    0.27292590    0.98276594

H3H2COH->CH2CH2 Products

0,2
C 0.00000000 0.00000000   0.00000000
C -0.68224340 -1.17094448   0.00000000
H 1.07000000 0.00000000   0.00000000
H -0.53316375 0.92770492   0.00000000
H -0.91436330 -3.17239085  -0.86009004
H -1.75224340 -1.17094448   0.00000000
H -0.14907965 -2.09864940   0.00000000
Zn -1.81329368 -4.50558791  -1.87201667
H -0.88001965 -3.73027871  -2.83658664
H -2.77800070 -3.73151431  -0.93785907
H -1.78186071 -6.05497071  -1.84160431
O -1.43209302 -2.36411627  -0.87584280
H -2.36677428 -2.58252479  -0.89223333
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不以物喜不以己悲
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gyc2011 at 2013-10-20 21:48:50
我是参考别人写的甲醛到甲醇的过渡态输入文件,文件如下:
#T UHF/6-31G(d) opt=QST2 Test

H3CO–>H2COH Reactions

0,2
C 0.00000000 0.00000000 0.00000000
H 0.00000000 0.00000000 1.07000001
H  ...

看了你的输入文件,首先你把文件上最后一部分关于锌原子给去掉,然后。对于文件的作业名那部分,把#去掉应该就可以了
8楼2013-10-21 12:34:35
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我没试过过渡态,但看你的输入,一个问题可能是你只写了分子坐标而没有写分子间的成键状态。具体怎么写查查高斯说明书吧
2楼2013-10-20 18:30:29
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有什么报错信息,把信息帖出来。只看你这个也看不出个所以然
3楼2013-10-20 19:06:31
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gyc2011

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-10-20 19:06:31
有什么报错信息,把信息帖出来。只看你这个也看不出个所以然

我是参考别人写的甲醛到甲醇的过渡态输入文件,文件如下:
#T UHF/6-31G(d) opt=QST2 Test

H3CO–>H2COH Reactions

0,2
C 0.00000000 0.00000000 0.00000000
H 0.00000000 0.00000000 1.07000001
H 1.00880579 0.00000000 -0.35666635
H -0.50440269 -0.87365135 -0.35666685
O -0.67410884 1.16759007 -0.47666623

H3CO–>H2COH Products

0,2
C 0.0000000 0.0000000 0.0000000
H 0.0000000 0.0000000 1.0700000
H 0.9277049 0.0000000 -0.5331638
H -1.3684675 0.9048960 -0.7874965
O -1.0873056 0.0000000 -0.6335117
他这个是可以跑的,而且结果是一样的,我觉得可能是我的反应体系里面多了个ZN,我的基组木有写对,但是我也木有看懂怎么写,报错的话是说的是2070,last link abnormally
不以物喜不以己悲
4楼2013-10-20 21:48:50
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