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月只蓝

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[求助] MS Discover计算纯表面的问题已有1人参与

一直用MS Discover模块，没有注意过这个问题，直到今天有个同学问起。
问题是这样的，MS Discover自带的教程，该教程目录如下
Help --> Tutorials --> Discover tutorials --> Polymer interactions with a metal oxide surface
跟着这个教程，一步步地做，一直做到附图1中的红框部分，此时教程的意思是，优化Al2O3的 (0 0 -1)晶面。按教程里面的操作，是在晶体导入之后，直接切面得(0 0 -1)晶面，然后直接地对该晶面进行优化(没有做诸如添加真空层之类的操作)。
优化完后，得到如附图2的结果，从附图2中的红框可以看到，优化前后，该晶面确实被优化了，因为总能量从初始的-456左右，下降到了-8532左右。
问题是这样出现的，既然上面说到该晶面被优化了，而且优化能量变化得很大，那么应该能从优化前后的结构中观察到区别，观察结果如附图3所示，附图3中，左边的晶面是优化之后的，右边的是优化之前的，目测来看，看不见差异，一点差异都看不出来。考虑到目测的误差，于是，计算优化后的晶面的能量，如附图4中所示，附图4中，左图是优化前后的能量对比，右图优化后的晶面的能量，可以看到，优化后的晶面的能量，与优化前的一模一样！
也就是说，对 (0 0 -1)晶面作优化后，输出的晶面结构和初始的是一样的。这个时候，我们会想到，是不是优化后的结构没有及时地更新呢？同时考虑到，优化计算的过程时间很短，所以，在discover的setup中，作了如附图5的设置。

结果还是和上述的一样：Discover对纯晶面优化的时候，尽管输出文件.out中，会给出优化前后能量的差异，但是输出的结构不会更新。

为了排除教程所涉及体系的特殊性，又对其他的晶体进行了类似计算，发现Discover 对不添加真空层的纯表面，全部出现上述情况。
而且，我使用MS6.0 MS6.1两个版本重复了上述计算，出现一模一样的情况。

但是一旦给这个晶面加上真空层，使其从二维变到三维后，结算后输出的结构就会更新。

综上所述，现在的问题是，Discover对纯晶面优化后，输出的结构不会更新，今天被这个问题困扰了。

请使用Discover的朋友给予解答，金币奉上！

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[ Last edited by 月只蓝 on 2013-10-20 at 18:51 ]

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1楼 2013-10-19 20:36:26

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pigrass

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【答案】应助回帖

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月只蓝: 金币+50, ★★★很有帮助, 您终于选择应助，可以给你金币了。 2014-03-04 11:14:58

dis里初始结构和最终结果原子的限定状态不一样
在forcite里，初始结构fix，最终结构也限定了
这点上感觉dis不是很靠谱……

forcite数据
1、不限定原子
几何优化前后能量是差异不大
---- Initial structure ----
Total enthalpy                : -21161.553598 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol
Total energy                   :    -21161.553598 kcal/mol
---- Final structure ----
Total enthalpy                : -21218.565110 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol
Total energy                   :    -21218.565110 kcal/mol
2、限定原子
几何优化前后能量是差异不大
---- Initial structure ----
Total enthalpy                : -4791.154883 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol
Total energy                   :    -4791.154883 kcal/mol
---- Final structure ----
Total enthalpy                : -4819.258852 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol
Total energy                   :    -4819.258852 kcal/mol