| 查看: 3105 | 回复: 15 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
月只蓝主管区长 (职业作家)
|
[求助]
MS Discover计算纯表面的问题 已有1人参与
|
||||
|
一直用MS Discover模块，没有注意过这个问题，直到今天有个同学问起。 问题是这样的，MS Discover自带的教程，该教程目录如下 Help --> Tutorials --> Discover tutorials --> Polymer interactions with a metal oxide surface 跟着这个教程，一步步地做，一直做到附图1中的红框部分，此时教程的意思是，优化Al2O3的 (0 0 -1)晶面。按教程里面的操作，是在晶体导入之后，直接切面得(0 0 -1)晶面，然后直接地对该晶面进行优化(没有做诸如添加真空层之类的操作)。 优化完后，得到如附图2的结果，从附图2中的红框可以看到，优化前后，该晶面确实被优化了，因为总能量从初始的-456左右，下降到了-8532左右。 问题是这样出现的，既然上面说到该晶面被优化了，而且优化能量变化得很大，那么应该能从优化前后的结构中观察到区别，观察结果如附图3所示，附图3中，左边的晶面是优化之后的，右边的是优化之前的，目测来看，看不见差异，一点差异都看不出来。考虑到目测的误差，于是，计算优化后的晶面的能量，如附图4中所示，附图4中，左图是优化前后的能量对比，右图优化后的晶面的能量，可以看到，优化后的晶面的能量，与优化前的一模一样！ 也就是说，对 (0 0 -1)晶面作优化后，输出的晶面结构和初始的是一样的。这个时候，我们会想到，是不是优化后的结构没有及时地更新呢？同时考虑到，优化计算的过程时间很短，所以，在discover的setup中，作了如附图5的设置。 结果还是和上述的一样：Discover对纯晶面优化的时候，尽管输出文件.out中，会给出优化前后能量的差异，但是输出的结构不会更新。 为了排除教程所涉及体系的特殊性，又对其他的晶体进行了类似计算，发现Discover 对不添加真空层的纯表面，全部出现上述情况。 而且，我使用MS6.0 MS6.1两个版本重复了上述计算，出现一模一样的情况。 但是一旦给这个晶面加上真空层，使其从二维变到三维后，结算后输出的结构就会更新。 综上所述，现在的问题是，Discover对纯晶面优化后，输出的结构不会更新，今天被这个问题困扰了。 请使用Discover的朋友给予解答，金币奉上！  1.png  2.png  3.png  4.png  5.png [ Last edited by 月只蓝 on 2013-10-20 at 18:51 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 仿真建模与计算 |
» 猜你喜欢
274求调剂
已经有13人回复
-
309求调剂
已经有5人回复
-
292求调剂
已经有8人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂
已经有3人回复
-
调剂310
已经有4人回复
-
北科281学硕材料求调剂
已经有16人回复
-
一志愿上海交大生物与医药专硕324分，求调剂
已经有6人回复
-
一志愿哈工大，085400，320，求调剂
已经有4人回复
-
316求调剂
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS文件的读取问题
已经有4人回复
- 关于MS切面，计算表面能的问题
已经有19人回复
- MS Discover 动力学求助
已经有10人回复
- 求助 急！用MS中discover模块的最小化处理
已经有4人回复
- 求有关MS discover 模块的外文文献！
已经有5人回复
- MS discover dynanic报错
已经有10人回复
- 我建的这个模型是不是周期性体系？
已经有5人回复
- MS discover 计算出错，请高手指点一下
已经有4人回复
- 有关MS 的建模 优化及计算的一些问题
已经有6人回复
- 【求助】MS添加原子的问题？
已经有5人回复
- 【求助】MS怎么计算吸附能
已经有12人回复
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68127.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
4楼2013-10-22 08:50:33
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68127.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
3楼2013-10-21 20:21:45
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68127.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
6楼2014-03-02 22:24:49
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
7楼2014-03-03 09:00:54
