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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS Discover计算纯表面的问题
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

[求助] MS Discover计算纯表面的问题 已有1人参与

一直用MS Discover模块，没有注意过这个问题，直到今天有个同学问起。
问题是这样的，MS Discover自带的教程，该教程目录如下
Help --> Tutorials --> Discover tutorials --> Polymer interactions with a metal oxide surface
跟着这个教程，一步步地做，一直做到附图1中的红框部分，此时教程的意思是，优化Al2O3的 (0 0 -1)晶面。按教程里面的操作，是在晶体导入之后，直接切面得(0 0 -1)晶面，然后直接地对该晶面进行优化(没有做诸如添加真空层之类的操作)。
优化完后，得到如附图2的结果，从附图2中的红框可以看到，优化前后，该晶面确实被优化了，因为总能量从初始的-456左右，下降到了-8532左右。
问题是这样出现的，既然上面说到该晶面被优化了，而且优化能量变化得很大，那么应该能从优化前后的结构中观察到区别，观察结果如附图3所示，附图3中，左边的晶面是优化之后的，右边的是优化之前的，目测来看，看不见差异，一点差异都看不出来。考虑到目测的误差，于是，计算优化后的晶面的能量，如附图4中所示，附图4中，左图是优化前后的能量对比，右图优化后的晶面的能量，可以看到，优化后的晶面的能量，与优化前的一模一样！
也就是说，对 (0 0 -1)晶面作优化后，输出的晶面结构和初始的是一样的。这个时候，我们会想到，是不是优化后的结构没有及时地更新呢？同时考虑到，优化计算的过程时间很短，所以，在discover的setup中，作了如附图5的设置。

结果还是和上述的一样：Discover对纯晶面优化的时候，尽管输出文件.out中，会给出优化前后能量的差异，但是输出的结构不会更新。

为了排除教程所涉及体系的特殊性，又对其他的晶体进行了类似计算，发现Discover 对不添加真空层的纯表面，全部出现上述情况。
而且，我使用MS6.0 MS6.1两个版本重复了上述计算，出现一模一样的情况。

但是一旦给这个晶面加上真空层，使其从二维变到三维后，结算后输出的结构就会更新。

综上所述，现在的问题是，Discover对纯晶面优化后，输出的结构不会更新，今天被这个问题困扰了。

请使用Discover的朋友给予解答，金币奉上！
MS Discover计算纯表面的问题
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MS Discover计算纯表面的问题-1
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MS Discover计算纯表面的问题-2
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MS Discover计算纯表面的问题-3
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MS Discover计算纯表面的问题-4
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[ Last edited by 月只蓝 on 2013-10-20 at 18:51 ]
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
1楼 2013-10-19 20:36:26
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
最希望能有虫友对上述问题进行验证，不管是证伪还是证实，求图片，每张图片20金币！求MS Discover资深用户的权威解释，合理解释，一条50金币！
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2013-10-22 08:50:33
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查看全部 16 个回答

月只蓝

主管区长 (职业作家)
请有MS的虫友来验证一下，跟着MS的tutorials操作，3分钟就能做到上述出现问题的那一步了。

求虫友发验证的图片，就是比较初始晶面和Minimizer后的晶面的能量，每贴给 20 金币。

最希望能有虫友对上述问题作权威的解释！
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
3楼2013-10-21 20:21:45
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
回复一下，设置悬赏。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
6楼2014-03-02 22:24:49
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2014-03-03 09:00:54
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