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月只蓝

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[求助] MS Discover计算纯表面的问题已有1人参与

一直用MS Discover模块，没有注意过这个问题，直到今天有个同学问起。
问题是这样的，MS Discover自带的教程，该教程目录如下
Help --> Tutorials --> Discover tutorials --> Polymer interactions with a metal oxide surface
跟着这个教程，一步步地做，一直做到附图1中的红框部分，此时教程的意思是，优化Al2O3的 (0 0 -1)晶面。按教程里面的操作，是在晶体导入之后，直接切面得(0 0 -1)晶面，然后直接地对该晶面进行优化(没有做诸如添加真空层之类的操作)。
优化完后，得到如附图2的结果，从附图2中的红框可以看到，优化前后，该晶面确实被优化了，因为总能量从初始的-456左右，下降到了-8532左右。
问题是这样出现的，既然上面说到该晶面被优化了，而且优化能量变化得很大，那么应该能从优化前后的结构中观察到区别，观察结果如附图3所示，附图3中，左边的晶面是优化之后的，右边的是优化之前的，目测来看，看不见差异，一点差异都看不出来。考虑到目测的误差，于是，计算优化后的晶面的能量，如附图4中所示，附图4中，左图是优化前后的能量对比，右图优化后的晶面的能量，可以看到，优化后的晶面的能量，与优化前的一模一样！
也就是说，对 (0 0 -1)晶面作优化后，输出的晶面结构和初始的是一样的。这个时候，我们会想到，是不是优化后的结构没有及时地更新呢？同时考虑到，优化计算的过程时间很短，所以，在discover的setup中，作了如附图5的设置。

结果还是和上述的一样：Discover对纯晶面优化的时候，尽管输出文件.out中，会给出优化前后能量的差异，但是输出的结构不会更新。

为了排除教程所涉及体系的特殊性，又对其他的晶体进行了类似计算，发现Discover 对不添加真空层的纯表面，全部出现上述情况。
而且，我使用MS6.0 MS6.1两个版本重复了上述计算，出现一模一样的情况。

但是一旦给这个晶面加上真空层，使其从二维变到三维后，结算后输出的结构就会更新。

综上所述，现在的问题是，Discover对纯晶面优化后，输出的结构不会更新，今天被这个问题困扰了。

请使用Discover的朋友给予解答，金币奉上！

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[ Last edited by 月只蓝 on 2013-10-20 at 18:51 ]

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1楼 2013-10-19 20:36:26

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pigrass

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-04 16:51:11

引用回帖:

11楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-03-04 08:27:01
非常感谢您时间的付出。
如果按照教程来，我也发现“最后结构没有变化，但是out文件的能量不一样”，那么是不是可以认为，尽管out文件中显示能量有差异，但实际上原结构并没有被优化呢？...

我觉得是这么理解吧
结构是被优化了，只是正好优化后的结构和初始结构一致
因为原子位置限制的原因，所以两个结构能量有较大差异