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625915317

金虫 (初入文坛)

[求助] AutoDock大分子问题

新手求助:从蛋白质数据库里下载的大分子是不是不能直接用到AutoDock中做分子对接?要做哪些处理?怎么做?详细点,谢谢大家帮忙
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sjputao

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
625915317: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-25 16:58:44
你说的大分子指的是蛋白质吧,可以用pymol软件处理,删除水分子,一些金属离子和配体,基本上就可以了
12楼2013-10-24 10:56:16
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查看全部 12 个回答

紫漠残星

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
625915317: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-25 16:56:41
你在论坛里搜索下,会有很多ADT的教程的

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  • 附件 1 : [emuch.net]AutoDock_ADT教程_AutoDockTools_分子对接_中文.pdf
  • 2013-10-18 10:52:53, 6.15 M
努力,不放弃
2楼2013-10-18 10:53:22
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wuyao0513

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
应该可以的,好像还需要模板的!!具体还得问问高手怎么操作~~
3楼2013-10-18 12:21:03
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
625915317: 金币+1, 有帮助 2013-10-25 16:56:55
赋予AD原子类型,加氢、加电荷,合并非极性氢。

当然,如果有水分子,磷酸等杂分子,你又不需要,还需要去掉。
4楼2013-10-18 15:44:45
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