应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计
182/2返回列表上一页12
查看: 1238  |  回复: 17
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tsf741014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhujun6701 at 2013-10-14 06:20:46
如果是公司设计的，完全可以用。

谢谢
回复此楼
11楼2013-10-14 09:37:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asr

荣誉版主 (知名作家)
beacon designer  一次就搞定
赞一下 回复此楼
思想极度邪恶，勿怕勿怪！\(^o^)/~
12楼2013-10-14 23:31:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsf741014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by asr at 2013-10-14 23:31:49
beacon designer  一次就搞定

可是不会呀！求助！
回复此楼
13楼2013-10-15 09:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Les_書t

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

首先很高兴与你探讨，不能说帮助，只能说谈谈我的看法。接下来言归正传~
对于PPAR γ的原始序列
1、Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
     FORWARD         642         21         58.79      42.86     3.00
     REVERSE           732         22         59.38      45.45     2.00
     Primer Seq
     TGCCAAGCATTTGTATGACTC        
     TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC
     其上游引物出现错配的现象概率很大，并且伴随发夹结构和二聚体的出现，下游引物有错配现象，但没有上游引物多。

但是
2、Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
    FORWARD         242          20        58.38     55.00       3.00        
    REVERSE           345          19        59.98     52.63       2.00
    Primer Seq
    AGCCTCCTTCTCCTCCCTAT
    CCCACACACACGACATTCA

    相对于前者，其只有少量的上游引物错配率，其余的发夹结构和二聚体出现不影响。特异性较第一组高。所以对于PPAR γ的原始序列建议选用第二组引物。

对于SOD的原始序列
1、Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
    FORWARD          271         20        60.25      55.00      3.00
    REVERSE            427         21        59.18      47.62      3.00        
    Primer Seq
    AAGGGAGGAGTGGCAGAAGT
    GAGGTCCAGCATTTCCAGTTA
   
    其容易出现校友引物错配和引物二聚体的出现。

2、Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
    FORWARD          54           19        59.20     57.89       2.00
    REVERSE           171          20        59.39     45.00       3.00
    Primer Seq
    GGTCATCCACTTCCAGCAG
    CCCATTTGTGTTGTCTCCAA
   
    其不发生错配，但是二聚体很明显和发夹结构。
   
    对于SOD序列的引物选择需要自己根据实验来判定。优化实验条件，根据自己想要的结果选取最适引物，这两种引物比较没有前者差异明显。建议多做实验。可优先试试第一组（相对而言）。

    最后，这只是我的看法，需要自己摸索，生物学实验不是通过软件直接能分析的，只能大致的确定方向，后面就看你自己的努力了，望你成功！！！
赞一下 回复此楼
Hey，Jude！
14楼2013-10-16 20:52:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Les_書t

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tsf741014: 金币+20, ★有帮助 2013-10-18 19:55:06
抱歉
PPAR γ的原始序列的两组引物写反了，
是第一组比第二组好点。总的来说优先考虑下
  PPAR γ的原始序列的
TGCCAAGCATTTGTATGACTC        
     TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC
和 SOD序列的
AAGGGAGGAGTGGCAGAAGT
    GAGGTCCAGCATTTCCAGTTA
引物
赞一下 回复此楼
Hey，Jude！
15楼2013-10-16 21:09:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xfyangsibs

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

A 针对特异性呢，还是要你去做个全基因组的BLAST，最好是与其他基因，尤其是3'端不匹配
B 我的原则一般是21 bp左右，AGCT分布比较均匀，3'末端非AT，GC含量50%左右。
AB都满足的话，一般没什么问题，你也可以对照上面的引物看一下。其实与你做什么没关系，引物都这些个原则，而且个人以为，软件那些花哨的东西没什么用。我们都不用软件，随便看看挑一段。但注意反向互补。如果基因本身比较复杂，实验结果不好就换一条就好了。
赞一下 回复此楼
16楼2013-10-17 09:35:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsf741014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by Les_書t at 2013-10-16 21:09:10
抱歉
PPAR γ的原始序列的两组引物写反了，
是第一组比第二组好点。总的来说优先考虑下
  PPAR γ的原始序列的
TGCCAAGCATTTGTATGACTC        
     TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC
和 SOD序列的
AAGGGAGGAGTGGCAGA ...

意思是两个都是第一组相对好些是么？非常感谢，接下来我就实验试试怎么样吧！
赞一下 回复此楼
17楼2013-10-17 12:16:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsf741014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by xfyangsibs at 2013-10-17 09:35:46
A 针对特异性呢，还是要你去做个全基因组的BLAST，最好是与其他基因，尤其是3'端不匹配
B 我的原则一般是21 bp左右，AGCT分布比较均匀，3'末端非AT，GC含量50%左右。
AB都满足的话，一般没什么问题，你也可以对照 ...

非常感谢!
回复此楼
18楼2013-10-17 12:18:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tsf741014 的主题更新
182/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭