应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计
182/2返回列表上一页12
查看: 1447  |  回复: 17
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tsf741014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhujun6701 at 2013-10-14 06:20:46
如果是公司设计的，完全可以用。

谢谢
回复此楼
11楼2013-10-14 09:37:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asr

荣誉版主 (知名作家)
beacon designer  一次就搞定
赞一下 回复此楼
思想极度邪恶，勿怕勿怪！\(^o^)/~
12楼2013-10-14 23:31:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsf741014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by asr at 2013-10-14 23:31:49
beacon designer  一次就搞定

可是不会呀！求助！
回复此楼
13楼2013-10-15 09:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Les_書t

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

首先很高兴与你探讨，不能说帮助，只能说谈谈我的看法。接下来言归正传~
对于PPAR γ的原始序列
1、Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
     FORWARD         642         21         58.79      42.86     3.00
     REVERSE           732         22         59.38      45.45     2.00
     Primer Seq
     TGCCAAGCATTTGTATGACTC        
     TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC
     其上游引物出现错配的现象概率很大，并且伴随发夹结构和二聚体的出现，下游引物有错配现象，但没有上游引物多。

但是
2、Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
    FORWARD         242          20        58.38     55.00       3.00        
    REVERSE           345          19        59.98     52.63       2.00
    Primer Seq
    AGCCTCCTTCTCCTCCCTAT
    CCCACACACACGACATTCA

    相对于前者，其只有少量的上游引物错配率，其余的发夹结构和二聚体出现不影响。特异性较第一组高。所以对于PPAR γ的原始序列建议选用第二组引物。

对于SOD的原始序列
1、Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
    FORWARD          271         20        60.25      55.00      3.00
    REVERSE            427         21        59.18      47.62      3.00        
    Primer Seq
    AAGGGAGGAGTGGCAGAAGT
    GAGGTCCAGCATTTCCAGTTA
   
    其容易出现校友引物错配和引物二聚体的出现。

2、Orientation        Start        Len        Tm        GC%        Any
    FORWARD          54           19        59.20     57.89       2.00
    REVERSE           171          20        59.39     45.00       3.00
    Primer Seq
    GGTCATCCACTTCCAGCAG
    CCCATTTGTGTTGTCTCCAA
   
    其不发生错配，但是二聚体很明显和发夹结构。
   
    对于SOD序列的引物选择需要自己根据实验来判定。优化实验条件，根据自己想要的结果选取最适引物，这两种引物比较没有前者差异明显。建议多做实验。可优先试试第一组（相对而言）。

    最后，这只是我的看法，需要自己摸索，生物学实验不是通过软件直接能分析的，只能大致的确定方向，后面就看你自己的努力了，望你成功！！！
赞一下 回复此楼
Hey，Jude！
14楼2013-10-16 20:52:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Les_書t

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tsf741014: 金币+20, ★有帮助 2013-10-18 19:55:06
抱歉
PPAR γ的原始序列的两组引物写反了，
是第一组比第二组好点。总的来说优先考虑下
  PPAR γ的原始序列的
TGCCAAGCATTTGTATGACTC        
     TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC
和 SOD序列的
AAGGGAGGAGTGGCAGAAGT
    GAGGTCCAGCATTTCCAGTTA
引物
赞一下 回复此楼
Hey，Jude！
15楼2013-10-16 21:09:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xfyangsibs

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

A 针对特异性呢，还是要你去做个全基因组的BLAST，最好是与其他基因，尤其是3'端不匹配
B 我的原则一般是21 bp左右，AGCT分布比较均匀，3'末端非AT，GC含量50%左右。
AB都满足的话，一般没什么问题，你也可以对照上面的引物看一下。其实与你做什么没关系，引物都这些个原则，而且个人以为，软件那些花哨的东西没什么用。我们都不用软件，随便看看挑一段。但注意反向互补。如果基因本身比较复杂，实验结果不好就换一条就好了。
赞一下 回复此楼
16楼2013-10-17 09:35:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsf741014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by Les_書t at 2013-10-16 21:09:10
抱歉
PPAR γ的原始序列的两组引物写反了，
是第一组比第二组好点。总的来说优先考虑下
  PPAR γ的原始序列的
TGCCAAGCATTTGTATGACTC        
     TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC
和 SOD序列的
AAGGGAGGAGTGGCAGA ...

意思是两个都是第一组相对好些是么？非常感谢，接下来我就实验试试怎么样吧！
赞一下 回复此楼
17楼2013-10-17 12:16:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsf741014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by xfyangsibs at 2013-10-17 09:35:46
A 针对特异性呢，还是要你去做个全基因组的BLAST，最好是与其他基因，尤其是3'端不匹配
B 我的原则一般是21 bp左右，AGCT分布比较均匀，3'末端非AT，GC含量50%左右。
AB都满足的话，一般没什么问题，你也可以对照 ...

非常感谢!
回复此楼
18楼2013-10-17 12:18:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tsf741014 的主题更新
182/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 14:05 by GkCVyODlx4mR
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 6/300 2026-08-30 13:54 by GkCVyODlx4mR
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +6 德尚中行 2026-08-27 7/350 2026-08-30 12:53 by Bxndjjd
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 12:13 by l0VvVHGBGRLv
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 11:52 by l0VvVHGBGRLv
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 11:51 by l0VvVHGBGRLv
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 11:32 by l0VvVHGBGRLv
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:17 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 06:22 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 06:00 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 05:40 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 02:40 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭