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tsf741014

新虫 (初入文坛)

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专业: 畜牧学

[求助] 引物设计

找公司设计了引物，各设计了两个，对这块一点不懂，谁能帮看下特异性什么的，看能不能用？

Generic primers: PPAR γ
Orientation Start Len Tm GC% Any
lFORWARD 642 21 58.79 42.86 3.00
REVERSE                732 22 59.38 45.45 2.00
Primer Seq
TGCCAAGCATTTGTATGACTC
TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC
Orientation Start Len Tm GC% Any
FORWARD 242 20 58.38 55.00 3.00
REVERSE                345 19 59.98 52.63 2.00
Primer Seq
AGCCTCCTTCTCCTCCCTAT
CCCACACACACGACATTCA
Generic primers: SOD
Orientation Start Len Tm GC% Any
FORWARD 271 20 60.25 55.00 3.00
REVERSE                   427 21 59.18 47.62 3.00
Primer Seq
AAGGGAGGAGTGGCAGAAGT
GAGGTCCAGCATTTCCAGTTA
Orientation Start Len Tm GC% Any
FORWARD 54 19 59.20 57.89 2.00
REVERSE                   171 20 59.39 45.00 3.00
Primer Seq
GGTCATCCACTTCCAGCAG
CCCATTTGTGTTGTCTCCAA

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1楼 2013-10-12 15:18:01

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Les_書t

铜虫 (初入文坛)

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虫号: 1415876
注册: 2011-09-24
性别: GG
专业: 生物化学

【答案】应助回帖

首先很高兴与你探讨，不能说帮助，只能说谈谈我的看法。接下来言归正传~
对于PPAR γ的原始序列
1、Orientation       Start       Len       Tm       GC%       Any
   FORWARD       642       21       58.79    42.86    3.00
   REVERSE          732       22       59.38    45.45    2.00
   Primer Seq
   TGCCAAGCATTTGTATGACTC
   TTTGTCTGTCGTCTTTCCTGTC
   其上游引物出现错配的现象概率很大，并且伴随发夹结构和二聚体的出现，下游引物有错配现象，但没有上游引物多。

但是
2、Orientation       Start       Len       Tm       GC%       Any
FORWARD       242       20       58.38    55.00    3.00
REVERSE          345       19       59.98    52.63    2.00
Primer Seq
AGCCTCCTTCTCCTCCCTAT
CCCACACACACGACATTCA

相对于前者，其只有少量的上游引物错配率，其余的发夹结构和二聚体出现不影响。特异性较第一组高。所以对于PPAR γ的原始序列建议选用第二组引物。

对于SOD的原始序列
1、Orientation       Start       Len       Tm       GC%       Any
FORWARD       271       20       60.25    55.00    3.00
REVERSE          427       21       59.18    47.62    3.00
Primer Seq
AAGGGAGGAGTGGCAGAAGT
GAGGTCCAGCATTTCCAGTTA

其容易出现校友引物错配和引物二聚体的出现。

2、Orientation       Start       Len       Tm       GC%       Any
FORWARD       54          19       59.20    57.89    2.00
REVERSE          171       20       59.39    45.00    3.00
Primer Seq
GGTCATCCACTTCCAGCAG
CCCATTTGTGTTGTCTCCAA

其不发生错配，但是二聚体很明显和发夹结构。

对于SOD序列的引物选择需要自己根据实验来判定。优化实验条件，根据自己想要的结果选取最适引物，这两种引物比较没有前者差异明显。建议多做实验。可优先试试第一组（相对而言）。

最后，这只是我的看法，需要自己摸索，生物学实验不是通过软件直接能分析的，只能大致的确定方向，后面就看你自己的努力了，望你成功！！！