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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » NAD和底物分子 两个配体怎么dock进一个蛋白质里？
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835598372

新虫 (小有名气)

[求助] NAD和底物分子 两个配体怎么dock进一个蛋白质里？

由于我的蛋白质需要辅酶NAD，底物分子和NAD怎么同时dock一个蛋白质里，请高手指点
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1楼 2013-10-08 22:13:51
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fishhope

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把NAD作为蛋白质的一部分进行格点文件的准备。
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2楼2013-10-09 12:12:29
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835598372

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fishhope at 2013-10-09 12:12:29
把NAD作为蛋白质的一部分进行格点文件的准备。

怎么吧NAD作为蛋白质的一部分啊，NAD和蛋白质文件是分开的
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3楼2013-10-09 19:09:37
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fishhope

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
835598372: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-10-10 18:43:59
如果有同源蛋白质，结构比对之后，将同源蛋白质中的NAD的坐标拷过来。如果没有，可将NAD对接到apo蛋白质中。
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4楼2013-10-09 19:29:57
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
835598372: 金币+2 2013-10-10 18:44:04
现做NAD的对接 然后做配体的 因为辅酶结合的特异性很强 通常都能找到比较满意的位置 再去处理不那么靠谱的配体对接 直接找同源带白拷贝过来也行 不过有待进一步能量优化
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5楼2013-10-10 10:00:44
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