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张牧童

新虫 (正式写手)

[求助] 能量最小化后体系结构出错，有图求真相！

大家好，本人在做涂层界面方面的模拟，基底为碳化钨，即WC，涂层为金刚石，选用的混合势，先对体系能量最小化，然后准备施加拉伸载荷，模拟其界面强度。但能量最小化过程就出现了问题，发现能量最小化后，WC的很多W和C穿越了金刚石涂层，得到的体系模型不合常理呀~请问这怎么解释？前来求助~谢谢大家~
能量最小化前和能量最小化后模型图片见附件~
能量最小化后体系结构出错，有图求真相！
能量最小化前


能量最小化后体系结构出错，有图求真相！-1
能量最小化后
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1楼 2013-10-05 18:40:30
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张牧童

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2013-10-06 00:51:12
会不会是周期性边界条件的问题？你的原子从一侧跑出去又从另一侧进来了，所以看起来是穿过了涂层。

我设置的是PPP边界条件，模型是MS建立后导入的~改成非周期边界条件后弛豫时体系分散了~不知道什么原因~
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3楼2013-10-06 09:54:32
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
会不会是周期性边界条件的问题？你的原子从一侧跑出去又从另一侧进来了，所以看起来是穿过了涂层。
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2楼2013-10-06 00:51:12
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 张牧童 at 2013-10-05 17:54:32
我设置的是PPP边界条件，模型是MS建立后导入的~改成非周期边界条件后弛豫时体系分散了~不知道什么原因~...

我感觉如果是ppp边界条件的话出现这样的情况的话是有可能的，的确是有粒子穿过一侧边界又从另一侧进来了。你能量最小化后的data文件里是不是有image flag？如果有image flag的话，在vmd里用pbc wrap命令可能就可以得到跟开始时类似的图像了。

有时候因为data文件里image flag的原因，虽然vmd显示的图像比较怪异，但并不代表体系有问题。

至于非周期性边界条件，我猜是不是要在两侧加两堵墙把粒子限制住？
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4楼2013-10-06 11:43:41
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