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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助lammps晶界建模如何保持box的周期性~~
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周啸

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 求助lammps晶界建模如何保持box的周期性~~

求助各位专家虫友，我用lammps建立了sigma13<100>晶界，如图所示，但是box的大小是我自己随便取的，因此在盒子的edge上的原子不是周期性排布的，如图白色原子所示，请问大家我应该如何确定盒子的大小使其边界上的原子也满足周期性排列呢？万分感谢大家帮助啊！！！！！！
求助lammps晶界建模如何保持box的周期性~~
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爱拼才会赢
1楼 2013-10-04 07:51:54
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhangliang8

木虫 (正式写手)

木虫之友

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
周啸: 金币+2, ★有帮助, 谢谢建议 2013-10-04 11:42:29
开始建box的时候，适当调整box沿X方向的尺寸，建好以后要弛豫一会，这种对称晶界应该是很容易保持周期性的。
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2楼2013-10-04 10:40:14
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zhangliang8

木虫 (正式写手)

木虫之友

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 周啸 at 2013-10-04 13:46:13
你好，你是说用fix box/relax命令吗？我用的是minimization 和fix force让它能量最小化并且保持stress在特定方向上null，求指导，谢谢~~...

模型建立好后可以选择用minimization命令，也可以直接在特定温度下run一段时间，已达到晶界的平衡结构。但是这不是你问题的主要原因，问题是你建box的时候尺寸是任意选取的，即使你在x方向上用的周期边界条件也会出现你模型中的非周期问题，你应该适当调整你box的尺寸大小。另外，y方向你说的白色原子很正常，如果你用的非周期条件，那么它们代表表面原子，如果你用的周期条件，它们代表的就是另一个晶界，与中间晶界结构相同。
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6楼2013-10-06 18:18:41
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普通回帖

周啸

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangliang8 at 2013-10-04 10:40:14
开始建box的时候，适当调整box沿X方向的尺寸，建好以后要弛豫一会，这种对称晶界应该是很容易保持周期性的。

你好，你是说用fix box/relax命令吗？我用的是minimization 和fix force让它能量最小化并且保持stress在特定方向上null，求指导，谢谢~~
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爱拼才会赢
3楼2013-10-04 11:46:13
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hwceng0816

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这个模型怎么建立额 想学习一下

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2013-10-04 18:36:51
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周啸

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hwceng0816 at 2013-10-04 18:36:51
你这个模型怎么建立额 想学习一下

直接用lammps的命令就可以建了，只要确定每部分的晶向就可以
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爱拼才会赢
5楼2013-10-04 23:10:30
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hwceng0816

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 周啸 at 2013-10-04 23:10:30
直接用lammps的命令就可以建了，只要确定每部分的晶向就可以...

命令建立的话 可以在VMD看吗，具体是怎么弄的？
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7楼2013-10-13 12:51:37
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chenkunkun

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问一下  建这个晶界 lammps命令怎么写呢
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努力
8楼2013-10-16 14:45:28
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fanhang_1990

捐助贵宾 (小有名气)
同问，求晶界建模命令
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9楼2014-12-03 11:02:39
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liwl926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangliang8 at 2013-10-06 18:18:41
模型建立好后可以选择用minimization命令，也可以直接在特定温度下run一段时间，已达到晶界的平衡结构。但是这不是你问题的主要原因，问题是你建box的时候尺寸是任意选取的，即使你在x方向上用的周期边界条件也会出 ...

我有另一个问题，建立一个晶胞，如何才能使其优化（使晶胞参数发生改变）找到最优构型？fix box/relax命令可以吗？
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10楼2014-12-16 14:13:24
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