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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物的设计
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coffee159

金虫 (小有名气)

[求助] 引物的设计

最近要设计引物，在群里面下的Premier 5.0 。可是不太会用。1.按照使用说明上设计引物时，搜索到的引物为什么都在模板的中间，怎样才能有在模板两侧的引物？我需要P的是全基因。2.请问怎样手工设计引物？3.设计的引物怎么改才能符合Tm值和自由能？谢谢高手们的指导。。。
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1楼 2013-09-27 20:21:15
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极道始之魔

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-09-28 13:19:36
我也有这方面的疑惑，楼猪知道了告诉我下，另外想问下检测生长激素活性的方法有哪些
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2楼2013-09-28 10:44:53
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稀释浓硫酸

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-09-28 13:19:43
coffee159: 金币+2, ★有帮助 2013-09-28 16:16:37
直接将上下游直接分别设定在5'和3'的一段区域内，这样，上游就只会在靠近5'的地方，下游同理。不过这样往往会分值较低，但一般只要条件合适，酶活力较强，片段还是能够被扩增出来的。
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就算在地狱，也要建立属于自己的天堂！
3楼2013-09-28 12:47:53
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coffee159

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 稀释浓硫酸 at 2013-09-28 12:47:53
直接将上下游直接分别设定在5'和3'的一段区域内，这样，上游就只会在靠近5'的地方，下游同理。不过这样往往会分值较低，但一般只要条件合适，酶活力较强，片段还是能够被扩增出来的。

谢谢，但是会出现二聚体或发夹结构，这样P出来的效率高吗
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4楼2013-09-28 16:17:25
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稀释浓硫酸

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
coffee159: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-09-29 08:49:47
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-09-29 10:14:27
引用回帖:
4楼: Originally posted by coffee159 at 2013-09-28 16:17:25
谢谢，但是会出现二聚体或发夹结构，这样P出来的效率高吗...

效率可能不高，那你就尝试使用KODfx酶扩增。也可以多设计几条引物，一般总会有一对引物能扩出来。
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就算在地狱，也要建立属于自己的天堂！
5楼2013-09-28 16:25:57
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coffee159

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 稀释浓硫酸 at 2013-09-28 16:25:57
效率可能不高，那你就尝试使用KODfx酶扩增。也可以多设计几条引物，一般总会有一对引物能扩出来。...

恩，好的，谢谢你了
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6楼2013-09-29 08:49:35
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lvshilu

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
coffee159: 金币+1, ★有帮助 2013-10-01 10:35:09
这个真是一言难尽，最效率的学习方法就是找一个会用的人现场施教，否则这样交流太难说清楚了
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需要金币
7楼2013-09-29 08:50:10
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hao327791557

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-09-29 19:43:22
coffee159: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-10-01 10:34:36
一般片段比较长的话，应该设计嵌套引物，我们用的都是TAKARA的高保真的酶做的PCR，扩增效率挺高的，引物特异性不强，也可能造成PCR失败，TM值，你可以根据你的引物的TM值 上下 浮动5度，进行退火，要不就设计个退火梯度，反正，设计引物，要看评分值得高低的，引物不可能设计的都很完美！希望对你有所帮助.
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不懈
8楼2013-09-29 13:56:54
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