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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问如何获取小分子的pdb文件
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hzdtctc

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何获取小分子的pdb文件 已有5人参与

本人刚用DS，学生物的，想做蛋白和小分子的对接，小分子也就是常见的氨基酸、糖类等，不是药物之类的。
看了zinc，主要是商业化合物，而且貌似由2D转换成3D的坐标文件需要收费。不知道用cambrige office之类的软件画出来，再转化成的PDB的文件能否在DS中用？
基于我用的就是常见化合物，如氨基酸等，各位有没有数据库推荐，我可以直接在里面下到配体的pdb或其他格式的DS可用的文件呢？
多谢多谢！
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1楼 2013-09-22 23:13:48
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雾里看花花开

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by iovvoi at 2013-09-23 21:37:14
知道小分子的英文名称

去ncbi上可以进行下载 不用自己画...

你好，我想知道怎样从NCBI上找到1,2-Epoxy-3-Methylbutane 的小分子结构图（PDB格式），谢谢了。具体是从哪个地方可以找到，因为我现在找不到图，谢谢了
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我的一生最美好的场景就是遇见你
12楼2014-03-12 09:58:39
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笑盲虫

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-30 18:53:40
用chemioffice的chemdraw先画出来，然后用3D的转一下就可以了，没有问题的
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用文字走路，用行动分析
2楼2013-09-23 06:43:00
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-30 18:53:48
氨基酸 也就那么几种吧，你找个蛋白质分子的PDB 文件，从中选取不就可以了嘛？
用VMD 很容易选择的

比如从库里下载一个 SP-C 蛋白，从中选取一个残基为 LEU 的，则

set  sel [atomselect top "resname LEU and resid 1"]
$sel writepdb leu.pdb
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3楼2013-09-23 08:47:18
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iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-30 18:54:02
小分子不保存成PDB格式  PDB格式是蛋白质的格式
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5楼2013-09-23 16:18:07
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