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后悔无期

金虫 (小有名气)

[求助] 扩内含子

有完整的CDS区大约1000bp,想要扩内含子,分三段,分两段都试过,设计了好多对引物就是扩不出条带!巣式PCR也做了,扩出来的条带不是想要的! 在数据库中也找不到其他物种该基因的DNA序列! 我该如何是好,请大侠们指点!多谢
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别回忆,因为回不去。把眼泪留给最疼你的人,把微笑留给伤你最深的人。
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lixg

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-09-29 10:15:07
后悔无期: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-10-12 11:22:41
gyesang: 回帖置顶 2013-10-12 12:20:59
1.内含子存在于基因组DNA中,因此必须以基因组DNA为模板扩增。
2.在cDNA的5‘端和3’端设计一对引物,争取1次就将包含内含子的基因序列扩增出来。
3.尝试一下不同的退火和延伸时间,因为你并不知道你的基因的序列长度。
4.如果用fermentas的超保真酶扩增的话,延伸时间设定依据是:2kb/min

仅供参考。
4楼2013-09-29 08:46:45
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普通回帖

王希望

铁杆木虫 (正式写手)

换个生物公司的酶试试
2楼2013-09-24 16:07:12
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sj082csh

银虫 (小有名气)


kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-10-13 18:09:16
1.研究对象是动物吗?多组合几对引物跑跑看,会不会正好引物之间没有内含子? 2.跑gDNA的时候,另外也需用cDNA跑跑看,做个对照哈。

[ 发自小木虫客户端 ]

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3楼2013-09-29 08:00:13
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后悔无期

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by sj082csh at 2013-09-29 08:00:13
1.研究对象是动物吗?多组合几对引物跑跑看,会不会正好引物之间没有内含子? 2.跑gDNA的时候,另外也需用cDNA跑跑看,做个对照哈。

是植物,分三段,扩出来片段了!
别回忆,因为回不去。把眼泪留给最疼你的人,把微笑留给伤你最深的人。
5楼2013-10-12 11:25:19
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后悔无期

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lixg at 2013-09-29 08:46:45
1.内含子存在于基因组DNA中,因此必须以基因组DNA为模板扩增。
2.在cDNA的5‘端和3’端设计一对引物,争取1次就将包含内含子的基因序列扩增出来。
3.尝试一下不同的退火和延伸时间,因为你并不知道你的基因的序列 ...

有个问题想请教你,  之前扩目的条带扩出来了,现在条件相同却扩不出来,或者扩出来目的条带很弱,新换了试剂,新合成了引物,优化模板和引物 还是不行,现在不知道怎么做了!
别回忆,因为回不去。把眼泪留给最疼你的人,把微笑留给伤你最深的人。
6楼2013-10-16 09:50:45
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lixg

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 后悔无期 at 2013-10-16 09:50:45
有个问题想请教你,  之前扩目的条带扩出来了,现在条件相同却扩不出来,或者扩出来目的条带很弱,新换了试剂,新合成了引物,优化模板和引物 还是不行,现在不知道怎么做了!...

嗯,如果条带很弱的话,可将产物回收,依次作为模板,再扩一次试试。
7楼2013-10-17 09:05:51
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yangsusu123

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lixg at 2013-10-17 09:05:51
嗯,如果条带很弱的话,可将产物回收,依次作为模板,再扩一次试试。...

您好!我就是用你的这种方法,我进行胶回收,做模板,再扩竟然就没有了,这是为什么呢?
8楼2013-11-26 10:35:53
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yangsusu123

新虫 (初入文坛)

楼主,现在我也要扩一段基因,只知道它的cDNA序列,从这上面设计引物,然后要扩增,想问一下你,从基因组上扩增内含子有啥实验心得可以分享一下吗,感激不尽!!!
9楼2013-11-26 10:37:57
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sunbeam_s

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 后悔无期 at 2013-10-12 11:25:19
是植物,分三段,扩出来片段了!...

你好,我也扩出来,但是不知道怎么比对,新生,求赐教
10楼2015-08-05 10:47:04
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