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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » RDFs和preferential binding有什么区别
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] RDFs和preferential binding有什么区别

我用分子模拟方法计算水溶液中盐离子和蛋白质的相互作用，分析了不同离子相对蛋白质特定位点的RDF，发现有的离子容易聚集在该位点，而有的离子疏远该位点。（从RDF的峰的分布得到）因此，我们说容易聚集在该位点的离子就是preferential  
binding or interaction。
审稿意见中，审稿人说“RDFs can not determine whether there is a preferential binding or  not, however, it can indicate if there is accumulation (or an increase in  
density/probability) at the protein interface.”
所以我想知道，RDFs和preferential binding有什么区别？谢谢解答！刚做MD不久，基本概念不清楚，勿喷！
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奋斗中的小木虫
1楼 2013-09-21 19:34:45
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2013-09-21 22:16:18
对蛋白质方面不是很了解
RDF仅仅表示在附近分布
曾看过一篇文献，用RDF来推测氢键是不是可能存在，但是仅有RDF不能说明氢键必定存在，作者用红外光谱计算能量最后才确定存在氢键

你这个问题估计差不多，RDF仅仅是preferential  binding的必要不充分条件。。。
或许要计算下binding energy？再找找相关文献吧
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-09-21 20:07:47
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