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RDFs和preferential binding有什么区别
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我用分子模拟方法计算水溶液中盐离子和蛋白质的相互作用，分析了不同离子相对蛋白质特定位点的RDF，发现有的离子容易聚集在该位点，而有的离子疏远该位点。（从RDF的峰的分布得到）因此，我们说容易聚集在该位点的离子就是preferential binding or interaction。 审稿意见中，审稿人说“RDFs can not determine whether there is a preferential binding or not, however, it can indicate if there is accumulation (or an increase in density/probability) at the protein interface.” 所以我想知道，RDFs和preferential binding有什么区别？谢谢解答！刚做MD不久，基本概念不清楚，勿喷！ |
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