24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3015)
>虫友互识 (313)
>导师招生 (216)
>文献求助 (181)
>休闲灌水 (64)
>论文投稿 (59)
>博后之家 (57)
>招聘信息布告栏 (47)
>硕博家园 (41)
>考研 (39)
>考博 (35)
>基金申请 (25)
>SciFinder/Reaxys (22)
>教师之家 (19)
>公派出国 (17)
>留学DIY (16)

返回列表

mengsk

金虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 109
散金: 995
红花: 8
帖子: 1372
在线: 240.3小时
虫号: 392814
注册: 2007-06-05
性别: GG
专业: 催化化学

[求助] RDFs和preferential binding有什么区别

我用分子模拟方法计算水溶液中盐离子和蛋白质的相互作用，分析了不同离子相对蛋白质特定位点的RDF，发现有的离子容易聚集在该位点，而有的离子疏远该位点。（从RDF的峰的分布得到）因此，我们说容易聚集在该位点的离子就是preferential
binding or interaction。
审稿意见中，审稿人说“RDFs can not determine whether there is a preferential binding or not, however, it can indicate if there is accumulation (or an increase in
density/probability) at the protein interface.”
所以我想知道，RDFs和preferential binding有什么区别？谢谢解答！刚做MD不久，基本概念不清楚，勿喷！

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

奋斗中的小木虫

1楼 2013-09-21 19:34:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

专家经验: +503
模拟EPI: 4
应助: 377 (硕士)
金币: 10371
散金: 3286
红花: 166
帖子: 2101
在线: 1968.4小时
虫号: 1463681
注册: 2011-10-27
性别: GG
专业: 高分子材料结构与性能
管辖: 分子模拟

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2013-09-21 22:16:18

对蛋白质方面不是很了解
RDF仅仅表示在附近分布
曾看过一篇文献，用RDF来推测氢键是不是可能存在，但是仅有RDF不能说明氢键必定存在，作者用红外光谱计算能量最后才确定存在氢键

你这个问题估计差不多，RDF仅仅是preferential binding的必要不充分条件。。。
或许要计算下binding energy？再找找相关文献吧

赞一下

回复此楼

#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#

2楼2013-09-21 20:07:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 mengsk 的主题更新

返回列表