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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » 用multiwfn显示电子密度时遇到的问题
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] 用multiwfn显示电子密度时遇到的问题

请教各位高手，我对一个有机分子优化完之后，用multiwfn显示它的电子密度，得到的图如下，但我不管怎么调节lower&upper limit of color scale，图中的原子都是显示的白色，希望各位老师能给我点提示，谢谢。优化完之后的.fchk文件也已经上传到附件。用multiwfn显示电子密度时遇到的问题
111.JPG
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    • 2013-09-17 16:52:52, 520.93 K

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1楼 2013-09-17 16:53:05
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+4 2013-09-17 19:32:42
calebby: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢老师！ 2013-09-17 20:47:29
电子密度在核附近数值非常大，已经远远超过了你的色彩刻度上限，所以显示为白色。就算把色彩刻度适当改大也消除不了白色。若你把上限改得极大，彻底让核附近的白色没有了，那么价层区域的密度也已经很难看出来了。
建议你尝试改用等值线图来显示。或者直接无视掉白色的区域，因为那都是内核部分，密度分布就是个球对称的峰形而已，和成键也没关系，化学上并不感兴趣
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2楼2013-09-17 18:15:36
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 18:15:36
电子密度在核附近数值非常大，已经远远超过了你的色彩刻度上限，所以显示为白色。就算把色彩刻度适当改大也消除不了白色。若你把上限改得极大，彻底让核附近的白色没有了，那么价层区域的密度也已经很难看出来了。
...

感谢sobereva老师的回答。在上面的图中，非常圆的点对应的是碳原子，不太圆的点是氮原子。我主要是想比较一下这几个氮原子上电子密度的大小。但是从上图中并不能明显的看出来，即便按照老师您说的，用等值线图，也不能很明显的比较大小。请老师指点。
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3楼2013-09-17 18:45:45
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

为达到这个目的，最好比较原子电荷，直接从图上不易观察。原子电荷是对原子附近电子分布总量的综合性的定量描述。
或者，你把内核电子去掉再做图，只剩价层电子，这样直接从图上比较可能容易些。具体做法是进入主功能6选34，然后再退回主菜单，再按照常规方法作图。
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4楼2013-09-17 19:41:20
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calebby

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引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 19:41:20
为达到这个目的，最好比较原子电荷，直接从图上不易观察。原子电荷是对原子附近电子分布总量的综合性的定量描述。
或者，你把内核电子去掉再做图，只剩价层电子，这样直接从图上比较可能容易些。具体做法是进入主功 ...

谢谢sobereva老师，按照您的指点，我得到了我想要的图啦！关于multiwfn，我还有一个疑问：它的那个颜色刻度数值应该是归一化的电子密度等高线吧。那如果在同样的颜色刻度范围内，我可以通过颜色的差异来比较两幅图里的电子密度差异吗？不知道这样严谨吗？
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5楼2013-09-17 20:07:28
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
比较两幅图的时候保证色彩刻度设定一致就行。
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6楼2013-09-17 20:42:08
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calebby

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引用回帖:
6楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 20:42:08
比较两幅图的时候保证色彩刻度设定一致就行。

谢谢老师，今天学到了不少东西！
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7楼2013-09-17 20:47:11
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