24小时热门版块排行榜    

查看: 1230  |  回复: 6

calebby

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] 用multiwfn显示电子密度时遇到的问题

请教各位高手,我对一个有机分子优化完之后,用multiwfn显示它的电子密度,得到的图如下,但我不管怎么调节lower&upper limit of color scale,图中的原子都是显示的白色,希望各位老师能给我点提示,谢谢。优化完之后的.fchk文件也已经上传到附件。用multiwfn显示电子密度时遇到的问题
111.JPG
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : sidan2.fchk
  • 2013-09-17 16:52:52, 520.93 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+4 2013-09-17 19:32:42
calebby: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢老师! 2013-09-17 20:47:29
电子密度在核附近数值非常大,已经远远超过了你的色彩刻度上限,所以显示为白色。就算把色彩刻度适当改大也消除不了白色。若你把上限改得极大,彻底让核附近的白色没有了,那么价层区域的密度也已经很难看出来了。
建议你尝试改用等值线图来显示。或者直接无视掉白色的区域,因为那都是内核部分,密度分布就是个球对称的峰形而已,和成键也没关系,化学上并不感兴趣
2楼2013-09-17 18:15:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

calebby

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 18:15:36
电子密度在核附近数值非常大,已经远远超过了你的色彩刻度上限,所以显示为白色。就算把色彩刻度适当改大也消除不了白色。若你把上限改得极大,彻底让核附近的白色没有了,那么价层区域的密度也已经很难看出来了。
...

感谢sobereva老师的回答。在上面的图中,非常圆的点对应的是碳原子,不太圆的点是氮原子。我主要是想比较一下这几个氮原子上电子密度的大小。但是从上图中并不能明显的看出来,即便按照老师您说的,用等值线图,也不能很明显的比较大小。请老师指点。
3楼2013-09-17 18:45:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

为达到这个目的,最好比较原子电荷,直接从图上不易观察。原子电荷是对原子附近电子分布总量的综合性的定量描述。
或者,你把内核电子去掉再做图,只剩价层电子,这样直接从图上比较可能容易些。具体做法是进入主功能6选34,然后再退回主菜单,再按照常规方法作图。
4楼2013-09-17 19:41:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

calebby

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 19:41:20
为达到这个目的,最好比较原子电荷,直接从图上不易观察。原子电荷是对原子附近电子分布总量的综合性的定量描述。
或者,你把内核电子去掉再做图,只剩价层电子,这样直接从图上比较可能容易些。具体做法是进入主功 ...

谢谢sobereva老师,按照您的指点,我得到了我想要的图啦!关于multiwfn,我还有一个疑问:它的那个颜色刻度数值应该是归一化的电子密度等高线吧。那如果在同样的颜色刻度范围内,我可以通过颜色的差异来比较两幅图里的电子密度差异吗?不知道这样严谨吗?
5楼2013-09-17 20:07:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


比较两幅图的时候保证色彩刻度设定一致就行。
6楼2013-09-17 20:42:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

calebby

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 20:42:08
比较两幅图的时候保证色彩刻度设定一致就行。

谢谢老师,今天学到了不少东西!
7楼2013-09-17 20:47:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 calebby 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +16 基诺咪客 2026-08-17 20/1000 2026-08-20 12:44 by 201120518022
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +16 Ldrop2023 2026-08-13 20/1000 2026-08-20 11:07 by xskun
[基金申请] 言之凿凿,8月21号(明天)放榜 +12 医学老男孩 2026-08-20 14/700 2026-08-20 10:53 by ran2233
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 21/1050 2026-08-20 10:37 by Vivilian
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
信息提示
请填处理意见