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calebby

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[求助] 用multiwfn显示电子密度时遇到的问题

请教各位高手,我对一个有机分子优化完之后,用multiwfn显示它的电子密度,得到的图如下,但我不管怎么调节lower&upper limit of color scale,图中的原子都是显示的白色,希望各位老师能给我点提示,谢谢。优化完之后的.fchk文件也已经上传到附件。用multiwfn显示电子密度时遇到的问题
111.JPG
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  • 2013-09-17 16:52:52, 520.93 K

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sobereva

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+4 2013-09-17 19:32:42
calebby: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢老师! 2013-09-17 20:47:29
电子密度在核附近数值非常大,已经远远超过了你的色彩刻度上限,所以显示为白色。就算把色彩刻度适当改大也消除不了白色。若你把上限改得极大,彻底让核附近的白色没有了,那么价层区域的密度也已经很难看出来了。
建议你尝试改用等值线图来显示。或者直接无视掉白色的区域,因为那都是内核部分,密度分布就是个球对称的峰形而已,和成键也没关系,化学上并不感兴趣
2楼2013-09-17 18:15:36
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calebby

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引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 18:15:36
电子密度在核附近数值非常大,已经远远超过了你的色彩刻度上限,所以显示为白色。就算把色彩刻度适当改大也消除不了白色。若你把上限改得极大,彻底让核附近的白色没有了,那么价层区域的密度也已经很难看出来了。
...

感谢sobereva老师的回答。在上面的图中,非常圆的点对应的是碳原子,不太圆的点是氮原子。我主要是想比较一下这几个氮原子上电子密度的大小。但是从上图中并不能明显的看出来,即便按照老师您说的,用等值线图,也不能很明显的比较大小。请老师指点。
3楼2013-09-17 18:45:45
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sobereva

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【答案】应助回帖

为达到这个目的,最好比较原子电荷,直接从图上不易观察。原子电荷是对原子附近电子分布总量的综合性的定量描述。
或者,你把内核电子去掉再做图,只剩价层电子,这样直接从图上比较可能容易些。具体做法是进入主功能6选34,然后再退回主菜单,再按照常规方法作图。
4楼2013-09-17 19:41:20
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calebby

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引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 19:41:20
为达到这个目的,最好比较原子电荷,直接从图上不易观察。原子电荷是对原子附近电子分布总量的综合性的定量描述。
或者,你把内核电子去掉再做图,只剩价层电子,这样直接从图上比较可能容易些。具体做法是进入主功 ...

谢谢sobereva老师,按照您的指点,我得到了我想要的图啦!关于multiwfn,我还有一个疑问:它的那个颜色刻度数值应该是归一化的电子密度等高线吧。那如果在同样的颜色刻度范围内,我可以通过颜色的差异来比较两幅图里的电子密度差异吗?不知道这样严谨吗?
5楼2013-09-17 20:07:28
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sobereva

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比较两幅图的时候保证色彩刻度设定一致就行。
6楼2013-09-17 20:42:08
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calebby

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引用回帖:
6楼: Originally posted by sobereva at 2013-09-17 20:42:08
比较两幅图的时候保证色彩刻度设定一致就行。

谢谢老师,今天学到了不少东西!
7楼2013-09-17 20:47:11
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