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Apollo919

新虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计

CCTTCAAACACCAATCGCGAGCTGCCAAGCTAAAATACTTGTCAGCTCACGATGTAAAAATTTAGCGAAG
TTTTCACAATTTATGATTCTATTTCTCGCATTTACTGTTATAATATTTACTGTATCAATATATAGGAGGA
ATTTTTGTAATGAAAATTATTGCATATGCTGTACGTGATGACGAACGTCCATTCTTCGATACTTGGATGA
AAGAAAACCCAGATGTTGAAGTTAAATTAGTTCCAGAATTACTTACTGAAGACAACGTTGACTTAGCTAA
AGGCTTCGACGGTGCCGATGTATACCAACAAAAGGACTATACTGCTGAAGTATTGAACAAGTTAGCCGAC
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GATGCAATTATTACGTCAAACCCCATTGTTCAACAAGAAGTTAGCTAAGCAAGACTTCCGTTGGGCACCA
GATATTGCCAAGGAATTAAACACCATGACTGTTGGTGTTATCGGTACTGGTCGGATTGGCCGTGCTGCCA
TCGATATTTTCAAAGGCTTCGGCGCTAAGGTTATCGGTTACGATGTTTACCGGAATGCTGAACTTGAAAA
GGAAGGCATGTACGTTGACACCTTGGACGAATTATACGCCCAAGCTGATGTTATCACGTTACACGTTCCT
GCATTGAAGGATAACTACCACATGTTGAATGCGGATGCCTTCAGCAAGATGAAAGATGGCGCCTACATCT
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CGGTGCCGCTCTTGATACGTATGAATACGAAACTAAGATCTTCAACAAAGACCTTGAAGGTCAAACGATT
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CTGAAACTGCCGTTCACAACATGGTGCACGTTTCAATGAACAGTAACAAACAATTCATCGAAACTGGTAA
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CCATTTTTTATGCTTTCACCTAAATGGGGCCTTTTCGAAGCGTTAACCCCAAGCGTACTTTCAATGCTGT
TATTATCCATAACAAAAAGCCCACAATAGAGCTGGTTGC
编码目标蛋白是从150-1145共996bp 332个氨基酸  想在5‘端加BamH I 在3’端加Hind III 求各路大侠设计下 不胜感激

[ Last edited by Apollo919 on 2013-9-16 at 21:20 ]
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1楼 2013-09-16 21:18:11
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-09-17 14:44:15
怎么可能是150bp开始呢，应该是151bp吧，其次如果加BamHI的话你还要告知你的载体具体多克隆位点，否则很可能导致移码突变！
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互助互励，共奋共进！！
2楼2013-09-16 22:22:14
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yimingwang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-09-17 14:44:25
D-lactate dehydrogenase
括号内是引物，阅读框自己矫正。
(GGATCC-ATGAAAATTATTGCATATGCTGTA)   CGTGATGACGAACGTCCATTCTTCGATACTTGGATGAAAGAAAACCCAGATGTTGAAGTTAAATTAGTTCCAGAATTACTTACTGAAGACAACGTTGACTTAGCTAAAGGCTTCGACGGTGCCGATGTATACCAACAAAAGGACTATACTGCTGAAGTATTGAACAAGTTAGCCGACGAAGGGGTTAAGAACATCTCTCTTCGTAACGTTGGTGTTGATAACTTGGACGTTCCTACTGTTAAAGCACGTGGCTTAAACATTTCTAACGTACCTGCATACTCACCAAATGCGATTGCTGAATTATCAGTAACGCAATTGATGCAATTATTACGTCAAACCCCATTGTTCAACAAGAAGTTAGCTAAGCAAGACTTCCGTTGGGCACCAGATATTGCCAAGGAATTAAACACCATGACTGTTGGTGTTATCGGTACTGGTCGGATTGGCCGTGCTGCCATCGATATTTTCAAAGGCTTCGGCGCTAAGGTTATCGGTTACGATGTTTACCGGAATGCTGAACTTGAAAAGGAAGGCATGTACGTTGACACCTTGGACGAATTATACGCCCAAGCTGATGTTATCACGTTACACGTTCCTGCATTGAAGGATAACTACCACATGTTGAATGCGGATGCCTTCAGCAAGATGAAAGATGGCGCCTACATCTTGAACTTTGCTCGTGGGACACTCATCGATTCAGAAGACTTGATCAAAGCCTTAGACAGTGGCAAAGTTGCCGGTGCCGCTCTTGATACGTATGAATACGAAACTAAGATCTTCAACAAAGACCTTGAAGGTCAAACGATTGATGACAAGGTCTTCATGAACTTGTTCAACCGCGACAATGTTTTGATTACACCACATACGGCTTTCTACACTGAAACTGCCGTTCACAACATGGTGCACGTTTCAATGAACAGTAACAAACAATTCATCGAAACTGGTAA (AGCTGACACACAAGTTAAGTTTGAT-AAGCTT)
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Let'sdoit.
3楼2013-09-16 22:32:07
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Apollo919

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Sthunder at 2013-09-16 22:22:14
怎么可能是150bp开始呢，应该是151bp吧，其次如果加BamHI的话你还要告知你的载体具体多克隆位点，否则很可能导致移码突变！

ATGAAAATTATTGCATATGCTGTACGTGATGACGAACGTCCATTCTTCGATACTTGGATGAAAGAAAACCCAGATGTTGAAGTTAAATTAGTTCCAGAATTACTTACTGAAGACAACGTTGACTTAGCTAAAGGCTTCGACGGTGCCGATGTATACCAACAAAAGGACTATACTGCTGAAGTATTGAACAAGTTAGCCGACGAAGGGGTTAAGAACATCTCTCTTCGTAACGTTGGTGTTGATAACTTGGACGTTCCTACTGTTAAAGCACGTGGCTTAAACATTTCTAACGTACCTGCATACTCACCAAATGCGATTGCTGAATTATCAGTAACGCAATTGATGCAATTATTACGTCAAACCCCATTGTTCAACAAGAAGTTAGCTAAGCAAGACTTCCGTTGGGCACCAGATATTGCCAAGGAATTAAACACCATGACTGTTGGTGTTATCGGTACTGGTCGGATTGGCCGTGCTGCCATCGATATTTTCAAAGGCTTCGGCGCTAAGGTTATCGGTTACGATGTTTACCGGAATGCTGAACTTGAAAAGGAAGGCATGTACGTTGACACCTTGGACGAATTATACGCCCAAGCTGATGTTATCACGTTACACGTTCCTGCATTGAAGGATAACTACCACATGTTGAATGCGGATGCCTTCAGCAAGATGAAAGATGGCGCCTACATCTTGAACTTTGCTCGTGGGACACTCATCGATTCAGAAGACTTGATCAAAGCCTTAGACAGTGGCAAAGTTGCCGGTGCCGCTCTTGATACGTATGAATACGAAACTAAGATCTTCAACAAAGACCTTGAAGGTCAAACGATTGATGACAAGGTCTTCATGAACTTGTTCAACCGCGACAATGTTTTGATTACACCACATACGGCTTTCTACACTGAAACTGCCGTTCACAACATGGTGCACGTTTCAATGAACAGTAACAAACAATTCATCGAAACTGGTAAAGCTGACACACAAGTTAAGTTTGAT
这是我要P的共996个bp的目的基因，希望能帮设计一对引物，谢谢
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4楼2013-09-17 10:10:05
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Apollo919

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yimingwang at 2013-09-16 22:32:07
D-lactate dehydrogenase
括号内是引物，阅读框自己矫正。
(GGATCC-ATGAAAATTATTGCATATGCTGTA)   CGTGATGACGAACGTCCATTCTTCGATACTTGGATGAAAGAAAACCCAGATGTTGAAGTTAAATTAGTTCCAGAATTACTTACTGAAGACAACGTTGACTTAGCTA ...

ATGAAAATTATTGCATATGCTGTACGTGATGACGAACGTCCATTCTTCGATACTTGGATGAAAGAAAACCCAGATGTTGAAGTTAAATTAGTTCCAGAATTACTTACTGAAGACAACGTTGACTTAGCTAAAGGCTTCGACGGTGCCGATGTATACCAACAAAAGGACTATACTGCTGAAGTATTGAACAAGTTAGCCGACGAAGGGGTTAAGAACATCTCTCTTCGTAACGTTGGTGTTGATAACTTGGACGTTCCTACTGTTAAAGCACGTGGCTTAAACATTTCTAACGTACCTGCATACTCACCAAATGCGATTGCTGAATTATCAGTAACGCAATTGATGCAATTATTACGTCAAACCCCATTGTTCAACAAGAAGTTAGCTAAGCAAGACTTCCGTTGGGCACCAGATATTGCCAAGGAATTAAACACCATGACTGTTGGTGTTATCGGTACTGGTCGGATTGGCCGTGCTGCCATCGATATTTTCAAAGGCTTCGGCGCTAAGGTTATCGGTTACGATGTTTACCGGAATGCTGAACTTGAAAAGGAAGGCATGTACGTTGACACCTTGGACGAATTATACGCCCAAGCTGATGTTATCACGTTACACGTTCCTGCATTGAAGGATAACTACCACATGTTGAATGCGGATGCCTTCAGCAAGATGAAAGATGGCGCCTACATCTTGAACTTTGCTCGTGGGACACTCATCGATTCAGAAGACTTGATCAAAGCCTTAGACAGTGGCAAAGTTGCCGGTGCCGCTCTTGATACGTATGAATACGAAACTAAGATCTTCAACAAAGACCTTGAAGGTCAAACGATTGATGACAAGGTCTTCATGAACTTGTTCAACCGCGACAATGTTTTGATTACACCACATACGGCTTTCTACACTGAAACTGCCGTTCACAACATGGTGCACGTTTCAATGAACAGTAACAAACAATTCATCGAAACTGGTAAAGCTGACACACAAGTTAAGTTTGAT
这是我要p的目的基因，你设计的上游引物咋和5‘端的一样呢？求解释
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5楼2013-09-17 10:31:41
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小love肖

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-09-18 10:20:28
正向引物：5'-3' CGGGATCCATGAAAATTATTGCATATGCTG   GC% 40% Tm=65
反向引物：5'-3' CCCAAGCTTATCAAACTTAACTTGTGTGTCAGC  GC% 42% Tm=64
GGATCC是BamHI位点，前面的CG是它的保护碱基，不加的话酶切会很困难，AAGCTT是HindIII,后面的GGG也是它的保护碱基。你的引物一定要和你目的片段的序列是一样的，这样才可以扩增出来
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6楼2013-09-17 16:30:45
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舒传

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yimingwang at 2013-09-16 22:32:07
D-lactate dehydrogenase
括号内是引物，阅读框自己矫正。
(GGATCC-ATGAAAATTATTGCATATGCTGTA)   CGTGATGACGAACGTCCATTCTTCGATACTTGGATGAAAGAAAACCCAGATGTTGAAGTTAAATTAGTTCCAGAATTACTTACTGAAGACAACGTTGACTTAGCTA ...

侠客我能加你吗？我也在引物设计，请赐教
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7楼2013-09-17 19:47:40
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Apollo919

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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8楼2013-09-18 10:16:04
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