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春华秋实2020

金虫 (正式写手)


[交流] gauss 计算电偶极矩

优化了一个团簇,计算了电偶极矩,导师希望得到各个分子的电偶极矩,我就用matlab把各个分子的电荷与坐标相乘去计算各个分子的电偶极矩。现在又这样一个问题,我认为用matlab把所有的电荷与坐标相乘得到的应该是总的电偶极矩,但算完后发现与gauss输出文件中的dipole有误差,已经考虑了guass中dipole的单位是德拜。不知怎么回事。另外,我计算用的电荷是ATP charge。
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春华秋实2020: 金币+5, 太感谢了,受益匪浅 2013-09-17 21:42:37
用Mulliken电荷算偶极矩结果很差,就连整体分子的偶极矩都无法很好重现,对于团簇内某个分子的偶极矩也不可能很好表现。GAPT电荷也不推荐使用。ADCH电荷可以完全精确重现体系总偶极矩,也可以期望用ADCH电荷计算的分子偶极矩也是很合理的。ADCH电荷原文见J. Theor. Comput. Chem., 11, 163,各种原子电荷包括ADCH的全面对比见《原子电荷计算方法的对比》(物理化学学报, 28, 1)。Multiwfn支持ADCH电荷的计算。

LS的“电荷与坐标相乘是得不到总偶极矩的”这句话是不严格的。像ADCH这样能精确重现体系总偶极矩的方法这句话是错误的。通过电荷与坐标相乘再加和就能得到。

值得一提的是,团簇当中分子间会有电荷转移,因此其中的分子可以认为是有一定净电荷的。对于带有净电荷的体系,其偶极矩是受到原点选取的影响的,也就是说偶极矩并非是唯一确定的,要计算的话必须指明原点,比如取此分子质心作为原点。
6楼2013-09-17 08:32:48
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7楼: Originally posted by 春华秋实2020 at 2013-09-17 21:45:13
能不能再问一句,gauss可以计算ADCH电荷吗?没有在输出文件中看到有这样一个电荷,只能用multiwfn计算吗?...

Multiwfn是唯一能算ADCH电荷的程序
8楼2013-09-17 23:06:45
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春华秋实2020: 金币+2 2013-09-21 08:45:42
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9楼: Originally posted by virtualzx at 2013-09-18 03:43:11
哦,以前没有接触过ADCH电荷,学习了。

不过如果用偶极矩矫正电荷,似乎会将极化作用也视为电荷转移,不知道强极化条件下是否影响物理意义?

例如离子和周围分子的极化作用,或者极限条件,例如静电场中的一 ...

ADCH通过原子偶极矩向周围原子展开为校正电荷,等效地通过原子电荷把原子附近密度的极化也表现出来。实际上CHELPG这样拟合静电势电荷、CM1/2/3/4电荷等等能对偶极矩有较好重现性的电荷本质上也都等效体现了极化效应。物理意义是没有问题的。对偶极矩不能较好重现的电荷物理意义才有问题。

不管什么条件,ADCH的算法都是一样的。如果只是一个原子,ADCH电荷还是0。
10楼2013-09-18 06:27:57
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春华秋实2020: 金币+3, 多谢 2013-09-22 08:45:50
手册(pdf文件)在Multiwfn主页http://multiwfn.codeplex.com上下载
Multiwfn是功能最全面的波函数分析程序,作图只是其用处的很小一部分。
.wfn/.wfx/.fch/.molden都可以用作计算ADCH电荷的输入文件。例子见手册4.7.2节。计算ADCH电荷需要原子波函数文件,最简单的近似处理办法就是把examples目录下的atomwfn目录挪到上一级目录(对于Windows版而言),Multiwfn就会直接用这些自带的原子波函数文件。
13楼2013-09-21 09:22:22
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“系统找不到指定路径”并不是出错,不用管它。
如果直接用Multiwfn自带的原子波函数文件就把atomwfn拷到上一级目录,Multiwfn就会自动用它而不会再去调用高斯去计算原子波函数文件。
如果没这样做,或者你的体系有超过第四周期的元素,Multiwfn就会先让你输入计算所用的理论方法和基组,然后输入高斯的路径(如果已经在settings.ini里的gaupath中设定了路径则不会再让你输入)。
你的输入不对。注意看程序提示。第一步让你输入理论方法和基组,例子已经给明了,如B3LYP/cc-pVDZ。第二步输入高斯可执行文件的路径,提示中也已经明确地给出了输入例子,如d:\study\g03w\g03.exe。
在Multiwfn中凡是需要用户输入的地方都会给出明确的提示,e.g.后是输入例子。一定要注意阅读和理解屏幕上的输出。如果仍不明白就看手册的相应章节的说明。

[ Last edited by sobereva on 2013-9-23 at 02:56 ]
17楼2013-09-23 02:54:58
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