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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS分子对接，总出现Ligands that failed conformer generation是什么原因
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thanking1669

木虫 (职业作家)

[求助] DS分子对接，总出现Ligands that failed conformer generation是什么原因

新手求教：DS分子对接，ligand无论minimization与否，都出现Ligands that failed conformer generation，这是什么原因？？

ligand是一个小肽，是用build and edit protein工具化的

另外，libdock的时候，是不是受体和配体的formal charge都要是整数（0， +1或-1）呀？
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1楼 2013-09-11 22:07:27
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hanxiaoding

新虫 (初入文坛)
请问楼主怎么解决的？？？？
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6楼2014-09-24 09:41:41
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
thanking1669: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-09-12 11:43:26
libdock做小肽可能不太适合吧 意思就是没有成功的产生配体构象 这是在对接前的一步 生成配体的构象集合 你检查一下结构 或者用ds的构象生成模块手动做一下看看
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2楼2013-09-12 10:20:36
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thanking1669

木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-09-12 10:20:36
libdock做小肽可能不太适合吧 意思就是没有成功的产生配体构象 这是在对接前的一步 生成配体的构象集合 你检查一下结构 或者用ds的构象生成模块手动做一下看看

用DS的Diverse Conformation Generation模块，结果还是产生不了构象，反馈的具体信息是：

1 failed compounds written to Program Files\SciTegic\web\jobs\Administrator\{clp2BA42-D093-4DDC-A76B-98DBD2DCD46A}/Intermediate/confgen_fail.sd  

小肽结构不会错，真奇怪
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3楼2013-09-12 11:45:27
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
thanking1669: 金币+5 2013-09-23 12:37:27
引用回帖:
3楼: Originally posted by thanking1669 at 2013-09-12 11:45:27
用DS的Diverse Conformation Generation模块，结果还是产生不了构象，反馈的具体信息是：

1 failed compounds written to Program Files\SciTegic\web\jobs\Administrator\{clp2BA42-D093-4DDC-A76B-98DBD2DCD4 ...

你应该把完整的错误信息贴出来 否则这样什么都看不出来
把过程的log文件 还有error细节都发上来让大家帮你看看
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4楼2013-09-23 10:56:21
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