应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS分子对接，总出现Ligands that failed conformer generation是什么原因
61/1返回列表
查看: 1881  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

thanking1669

木虫 (职业作家)

[求助] DS分子对接，总出现Ligands that failed conformer generation是什么原因

新手求教：DS分子对接，ligand无论minimization与否，都出现Ligands that failed conformer generation，这是什么原因？？

ligand是一个小肽，是用build and edit protein工具化的

另外，libdock的时候，是不是受体和配体的formal charge都要是整数（0， +1或-1）呀？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-09-11 22:07:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
thanking1669: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-09-12 11:43:26
libdock做小肽可能不太适合吧 意思就是没有成功的产生配体构象 这是在对接前的一步 生成配体的构象集合 你检查一下结构 或者用ds的构象生成模块手动做一下看看
赞一下 回复此楼
2楼2013-09-12 10:20:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thanking1669

木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-09-12 10:20:36
libdock做小肽可能不太适合吧 意思就是没有成功的产生配体构象 这是在对接前的一步 生成配体的构象集合 你检查一下结构 或者用ds的构象生成模块手动做一下看看

用DS的Diverse Conformation Generation模块，结果还是产生不了构象，反馈的具体信息是：

1 failed compounds written to Program Files\SciTegic\web\jobs\Administrator\{clp2BA42-D093-4DDC-A76B-98DBD2DCD46A}/Intermediate/confgen_fail.sd  

小肽结构不会错，真奇怪
赞一下 回复此楼
3楼2013-09-12 11:45:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
thanking1669: 金币+5 2013-09-23 12:37:27
引用回帖:
3楼: Originally posted by thanking1669 at 2013-09-12 11:45:27
用DS的Diverse Conformation Generation模块，结果还是产生不了构象，反馈的具体信息是：

1 failed compounds written to Program Files\SciTegic\web\jobs\Administrator\{clp2BA42-D093-4DDC-A76B-98DBD2DCD4 ...

你应该把完整的错误信息贴出来 否则这样什么都看不出来
把过程的log文件 还有error细节都发上来让大家帮你看看
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-23 10:56:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thanking1669

木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-09-23 10:56:21
你应该把完整的错误信息贴出来 否则这样什么都看不出来
把过程的log文件 还有error细节都发上来让大家帮你看看...

问题已解决，谢谢
回复此楼
5楼2013-09-23 12:37:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanxiaoding

新虫 (初入文坛)
请问楼主怎么解决的？？？？
赞一下 回复此楼
6楼2014-09-24 09:41:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 thanking1669 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 301求调剂 +6 yy要上岸呀 2026-03-17 6/300 2026-03-17 23:58 by 星空星月
[考研] 268求调剂 +3 简单点0 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:15 by wangjihu
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 268求调剂 +7 好运连绵不绝 2026-03-12 8/400 2026-03-17 20:28 by xilongliang
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 290求调剂 +6 孔志浩 2026-03-12 11/550 2026-03-17 14:41 by 周舟舟77
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[基金申请] 有必要更换申报口吗 20+3 fannyamoy 2026-03-11 3/150 2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 求调剂 +7 18880831720 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:10 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭