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两种芽孢杆菌全基因组的比较
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| 最近老师让我对两个芽孢杆菌全基因组进行比较，找出相同部分和不同部分，我完全搞不明白，不知从何着手，我手头有测序公司给我的这两种菌的测序结果，是fa格式，这是什么格式？还有基因家族结果，以及annotation assembly data-stats predict 四个文件夹，里面大多数是excel 格式文件，还有一些我不知道的文件格式，像annot 文件和 list文件，我用写字板和记事本都打开了，不知道这样行吗？还是需要特殊软件打开才是对的！我很迷茫，不知道要做什么？请各位高手指点指点！越详细越好！！谢谢谢谢！ |
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kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2013-10-20 15:01:41
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2013-10-20 15:01:41
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2楼2013-10-20 13:49:53
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非常感谢您的帮助，去年时，老师又说暂时不用做比较基因组学分析，我就做的其他实验，本以为不用这些了，现在老师又让做了！哎呀，我现在看了一些关于全基因组测序及比较基因组学的文章，发现很多软件都要在linux上运行！我在Windows下直接按的linux，尝试运行Mummer（我是看一些文献上面用的）但就是装不上去，而您说的mauve软件我是装上去了，但是用序列运行它机器没有反应，我的序列是fasta格式啊！ 我们用的是美吉生物公司测的细菌全基因组，是基因组完成图，我看公司介绍上面说用的是454测序！ 我现在最大的难题是用linux系统，我不会用编程程序！请问您要使用linux吗？可否教一教？或是您在做比较分析时，发现好的软件、软件应用介绍、好的生物信息学书籍等，分享给我！我会非常感谢的！ |
3楼2014-05-08 18:16:19