| 查看: 3078 | 回复: 15 | |||
grexx213木虫 (正式写手)
|
[求助]
求助——如何用Chem3D/ChemBio3D计算过渡态的能量？
|
|
偶是有机出身，不懂计算，所以我尽量讲得明白些。 有三个化合物，ABC，A是底物，B、C是催化剂，产物都是一样的。用B和用C的时候反应速度有差别，我们推测可能是中间过渡态 A+B 和 A+C 能量不一样，所以一个快一个慢。 俺们实验室没有专门用来计算的电脑，所以想用Chem3D/ChemBio3D粗略计算一下（过渡态大概有60个原子）。 问题如下： 1，在Chem3D/ChemBio3D里应该用什么软件来计算？MM2、GAMESS、Jaguar还是MOPAC？ 2、计算A+B 和 A+C 两个过渡态的时候需不需要指定氢键、静电吸引等相互作用？ 多谢大牛指点！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
帮我的英语口语老师找学生
已经有4人回复
-
计算三阶力常数用thirdorder扩胞时参数如何选择？临近原子数怎么取值
已经有7人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有250人回复
-
2026年循环经济功能材料国际会议（ICFMCE 2026）
已经有0人回复
-
2026年第五届电气、电子与信息工程国际会议（ISEEIE 2026）
已经有0人回复
-
哈尔滨理工大学物理系招收物理学考研调剂
已经有5人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂
已经有5人回复
-
求调剂
已经有0人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂有论文
已经有0人回复
-
请问还有没有用Latex写文章的小伙伴们？
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用chembio3D自带的gamess计算，程序如下，出现中断，请高手帮忙分析一下是什么原因！
已经有6人回复
- 【求助】如何提高word中的 CHem 3d图的打印质量
已经有3人回复
- 【求助】怎样把ChemBio 3D 文件转化为 Gaussian 输入文件
已经有6人回复
- 【求助】ChemBio3D保存的sybyl mol2格式与sybyl兼容吗？
已经有5人回复
- 【求助】关于计算结果的运用
已经有11人回复
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 计算强帖: 1
- 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2013-09-03 06:59:53
grexx213
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2592.9
- 散金: 300
- 帖子: 470
- 在线: 150.9小时
- 虫号: 62650
- 注册: 2005-03-17
- 专业: 药物化学
3楼2013-09-03 10:58:20
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 计算强帖: 1
- 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
4楼2013-09-03 11:05:55
|
不懂就别乱说。Chem 3d能做，Chem3D只不过是一个图形界面，可以方便地使用分子力场、Gaussian、GAMESS（免费且自带）等，GAMESS有多强大不用说。楼主要做这个需要一定的量化知识，关于构型优化、寻找过渡态、IRC……不是2、3句话能说完的。MOPAC也可以做的，见：http://www.openmopac.net/manual/Locating_transition_states.html 不过MOPAC是半经验的，学习一下可以，有条件还是从头算较好。你不行还是找个人帮你吧，不是1、2天就能学会的。 |
5楼2013-09-21 11:23:00
6楼2013-09-21 11:34:23
7楼2013-09-21 11:45:18
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 计算强帖: 1
- 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
8楼2013-09-21 13:02:23
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 计算强帖: 1
- 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
9楼2013-09-21 13:02:58
落雨sjh
铁杆木虫 (职业作家)
沈益锋
- 应助: 61 (初中生)
- 金币: 5075.8
- 散金: 1599
- 红花: 12
- 帖子: 4628
- 在线: 576.6小时
- 虫号: 2252432
- 注册: 2013-01-21
- 性别: GG
- 专业: 高分子合成化学
10楼2013-09-21 16:10:36
