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grexx213木虫 (正式写手)
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求助——如何用Chem3D/ChemBio3D计算过渡态的能量？
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偶是有机出身，不懂计算，所以我尽量讲得明白些。 有三个化合物，ABC，A是底物，B、C是催化剂，产物都是一样的。用B和用C的时候反应速度有差别，我们推测可能是中间过渡态 A+B 和 A+C 能量不一样，所以一个快一个慢。 俺们实验室没有专门用来计算的电脑，所以想用Chem3D/ChemBio3D粗略计算一下（过渡态大概有60个原子）。 问题如下： 1，在Chem3D/ChemBio3D里应该用什么软件来计算？MM2、GAMESS、Jaguar还是MOPAC？ 2、计算A+B 和 A+C 两个过渡态的时候需不需要指定氢键、静电吸引等相互作用？ 多谢大牛指点！！！ |
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2楼2013-09-03 06:59:53
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4楼2013-09-03 11:05:55
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不懂就别乱说。Chem 3d能做，Chem3D只不过是一个图形界面，可以方便地使用分子力场、Gaussian、GAMESS（免费且自带）等，GAMESS有多强大不用说。楼主要做这个需要一定的量化知识，关于构型优化、寻找过渡态、IRC……不是2、3句话能说完的。MOPAC也可以做的，见：http://www.openmopac.net/manual/Locating_transition_states.html 不过MOPAC是半经验的，学习一下可以，有条件还是从头算较好。你不行还是找个人帮你吧，不是1、2天就能学会的。 |
5楼2013-09-21 11:23:00
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