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javacfish金虫 (小有名气)
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[原创]使用MolGridCal来实现网格虚拟筛选药物
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大家好， 今天介绍一个网格虚拟筛选的软件MolGridCal（https://molgridcal.codeplex.com/）和JPPF（www.jppf.org）. 使用网格做虚拟筛选可以有以下几个优点： 1） 通过建立服务器和节点之间的关系，充分利用电脑资源。 2） 可以利用电脑屏保时候的资源，也就是说，如果有鼠标和键盘的点击，任务就会被终止，并且分配到其他格点上进行计算。 下面快速介绍MolGridCal的使用方法，官方网站的教程，并没有完全的文件，我上传了一个涉及的全部软件：http://pan.baidu.com/share/link? ... p;amp;uk=3710850057 1. 下载MolGridCal: https://molgridcal.codeplex.com 2. 下载其它涉及的全部软件： http://pan.baidu.com/share/link? ... p;amp;uk=3710850057 3. 配置JDK和ant编译的环境 解压文件，打开目录：MolGridCal_tutorial\02-soft\JDK&&ANT JDK在windows下直接双击，然后按照英文教程配置路径即可: 我的电脑---属性---高级---环境变量 ![[原创]使用MolGridCal来实现网格虚拟筛选药物](https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2013/0830/w87h480755_1377797579_515.jpg#opennewwindow) 找到Path, 加入： ;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\bin;C:\Program Files\Java\jre7\bin;D:\Program Files\ant\bin 同样创建JAVA_HOME变量，然后输入：;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02 JAVA_HOME是必须的，因为ant需要 ![[原创]使用MolGridCal来实现网格虚拟筛选药物-1](https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2013/0830/w91h480755_1377797649_208.jpg#opennewwindow) 找到或者直接添加CLASSPATH ;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\lib;C:\Program Files\Java\jre7\lib;D:\Program Files\ant\lib 在linux解压后，修改根目录下的文件.bashrc，按照英文教程直接配置路径即可: 提供个修改的例子，按照下面修改即可： export JAVA_HOME=/home/tim/bai/soft/jdk7 ###(你安装的JDK路径) export ANT=/home/tim/bai/soft/ant192 ###(你安装的ANT路径) export PATH=$ANT/bin:$JAVA_HOME/bin:$JAVA_HOME/jre/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$ANT/lib:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/jre/lib:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$LD_LIBRARY_PATH 对于ant, 直接加压，然后在windows 和linux下直接按照教程配置路径即可。 是否配置好，直接在终端或DOS窗口输入。（windows打开DOS终端的第一种方法是：开始---程序---附件---命令提示符。第二种方法是：开始---运行---输入cmd，然后回车即可） ###> java -version ###> ant -version 看显示的版本是否和按照的一致，如果一致，说明按照成功。 说明：配置JAVA环境是必须的，因为node, server和MolGridCal都是用JAVA编写的。 4. 配置FTPserver 直接打开MolGridCal_tutorial\02-soft\ftpserver，值得注意的是安全问题，从fepserver/res/conf/中找到users.properties，配置users.properties的时候一定要把超级用户（admin）的密码给改了，这次FTP的本地密码使用MD5 加密：http://www.iwebtool.com/md5，然后根据需要设置自己想要的密码和用户 ![[原创]使用MolGridCal来实现网格虚拟筛选药物-2](https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2013/0830/w107h480755_1377797688_143.jpg#opennewwindow) 弄好之后，直接运行： ##> bin/ftpd.sh res/conf/ftpd-typical.xml windows下: ##> bin\ftpd.bat res\conf\ftpd-typical.xml 就可以直接启动FTP了。设置好用户名和密码后，先测试一下能否能录FTP，比如输入你机器的IP地址ftp://xxxxx:2121，然后按照提示输入密码看是否能登录，如果能登录FTP才可以进入下一部。 FTP的功能是收集和传输数据 5. JPPF-server 和 nodes的设置就简单了，只要第一步的java运行环境设置好了，打开目录：MolGridCal_tutorial\02-soft\driver31和MolGridCal_tutorial\02-soft\node31 windows下启动DOS窗口，切换到它们的目录下面，直接运行命令: ##> ant 就可以启动server和nodes了. Linux下打开终端，同样打开终端，运行 ##> ant 就可以启动server或nodes了. 本次就使用和启动一个server,然后让很多nodes连接到server上 6. 运行MolGridCal 下载得到MolGridCal之后，运行方式和运行server和node是一样的，直接在终端或者DOS窗口： ##> ant 在运行前一定要配置好MolGridCal运行的参数文件：“parameter.mgc”（就在MolGridCal的路径下面） Ipaddress 202.201.5.95 ------建立的FTP地址 IpPort 2121 -------建立的FTP的端口 User gridfvs -------建立的FTP用户名 Password gridfvs709 -------建立的FTP密码 Downloaddir /VS1/ligands -------FTP上用于对接的目录，一般在res/home目录下 UploadDir /VS1/result -------FTP上用于收集数据的目录 # The line show program run as below Token ZINC -------标识符，用于快速删除分子 Program Autodock_Vina -------使用的程序名称，这次使用的是VINA Command vina -------程序运行的命令 如果能顺利通过，你就可以开始网格虚拟筛选。好运！ 本次中文教程，仅仅是为了加快MolGridCal教程的学习，如果要部署计算网格，强烈建议官方英文教程，设置证书验证（SSL）和密码. 同时做好预算，如果你的网费是按流量算的，要做好预算，或者组建内网网格。 更多相信的教程，请参考官方网址：https://molgridcal.codeplex.com/ [ Last edited by javacfish on 2013-10-24 at 20:52 ] |
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2楼2013-08-30 17:04:53
javacfish
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3楼2013-09-11 15:31:08
