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HiPC至尊木虫 (初入文坛)
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【原创】编译、测试NAMD分子动力学仿真软件编译【已搜无重复】
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试验环境：ubuntu系统 1、下载TCL和FFTW库： mkdir fftw cd fftw wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux.tar.gz tar xzf fftw-linux.tar.gz cd .. mkdir tcl cd tcl wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl-linux.tar.gz tar xzf tcl-linux.tar.gz 2、解NAMD包 tar xzf NAMD_2.6_Source.tar.gz cd NAMD_2.6_Source tar xf charm-5.9.tar cd charm-5.9 3、编译并测试Charm++/Converse库 ./build charm++ net-linux --no-shared -O -DCMK_OPTIMIZE=1 cd net-linux/pgms/charm++/megatest/ make pgm ./charmrun ++local +p4 ./pgm (also try running on multiple nodes) cd ../../../../.. 4、编辑各种配置文件 vi Make.charm (set CHARMBASE to .rootdir/charm-5.9 or full path to charm) vi arch/Linux-i686.fftw (fix library name and path to files) vi arch/Linux-i686.tcl (fix library version and path to TCL files) 5、编译 ./config tcl fftw Linux-i686-g++ cd Linux-i686-g++ make 6、快速测试 ./namd2 ./namd2 src/alanin ./charmrun ++local +p2 ./namd2 ./charmrun ++local +p2 ./namd2 src/alanin 参考： http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/development.html 补充： 3、编译并测试Charm++/Converse库 ./build charm++ net-linux --no-shared -O -DCMK_OPTIMIZE=1 cd net-linux/pgms/charm++/megatest/ make pgm ./charmrun ++local +p4 ./pgm (also try running on multiple nodes) cd ../../../../.. 根据最新版本(charm-5.9)，上面一步校正为： 3、编译并测试Charm++/Converse库 ./build charm++ net-linux --no-shared -O -DCMK_OPTIMIZE=1 cd net-linux/examples/charm++/hello make cd 1darray/ ./charmrun ++local +p4 ./hello (also try running on multiple nodes) cd ../../../../../.. NAMD 简介 NAMD Molecular Dynamics Software(NAMD分子动力学计算软件) 自由,开源开发团队:Illinois大学,Illinois 贝克曼研究所,理论生物物理小组. NAMD 官方主页: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd 公布论文: Laxmikant Kale,Robert Skeel,Milind Bhandarkar,Robert Brunner,Attila Gursoy,Neal Krawetz,James Ohillips,Aritomo Shinozaki,Krishnan Varadarajan,and Klaus Schulten. NAMD2: Greater scalability for parallel molecular dynamics.J. Comp. Phys.,151:283-312,1999. [ Last edited by HiPC on 2007-11-16 at 00:32 ] |
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3楼2008-01-19 20:03:49
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至尊木虫 (初入文坛)
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2楼2007-11-17 14:22:56
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