| 查看: 459 | 回复: 2 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
HiPC至尊木虫 (初入文坛)
thinker
|
[交流]
【原创】编译、测试NAMD分子动力学仿真软件编译【已搜无重复】
|
||
|
试验环境：ubuntu系统 1、下载TCL和FFTW库： mkdir fftw cd fftw wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux.tar.gz tar xzf fftw-linux.tar.gz cd .. mkdir tcl cd tcl wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl-linux.tar.gz tar xzf tcl-linux.tar.gz 2、解NAMD包 tar xzf NAMD_2.6_Source.tar.gz cd NAMD_2.6_Source tar xf charm-5.9.tar cd charm-5.9 3、编译并测试Charm++/Converse库 ./build charm++ net-linux --no-shared -O -DCMK_OPTIMIZE=1 cd net-linux/pgms/charm++/megatest/ make pgm ./charmrun ++local +p4 ./pgm (also try running on multiple nodes) cd ../../../../.. 4、编辑各种配置文件 vi Make.charm (set CHARMBASE to .rootdir/charm-5.9 or full path to charm) vi arch/Linux-i686.fftw (fix library name and path to files) vi arch/Linux-i686.tcl (fix library version and path to TCL files) 5、编译 ./config tcl fftw Linux-i686-g++ cd Linux-i686-g++ make 6、快速测试 ./namd2 ./namd2 src/alanin ./charmrun ++local +p2 ./namd2 ./charmrun ++local +p2 ./namd2 src/alanin 参考： http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/development.html 补充： 3、编译并测试Charm++/Converse库 ./build charm++ net-linux --no-shared -O -DCMK_OPTIMIZE=1 cd net-linux/pgms/charm++/megatest/ make pgm ./charmrun ++local +p4 ./pgm (also try running on multiple nodes) cd ../../../../.. 根据最新版本(charm-5.9)，上面一步校正为： 3、编译并测试Charm++/Converse库 ./build charm++ net-linux --no-shared -O -DCMK_OPTIMIZE=1 cd net-linux/examples/charm++/hello make cd 1darray/ ./charmrun ++local +p4 ./hello (also try running on multiple nodes) cd ../../../../../.. NAMD 简介 NAMD Molecular Dynamics Software(NAMD分子动力学计算软件) 自由,开源开发团队:Illinois大学,Illinois 贝克曼研究所,理论生物物理小组. NAMD 官方主页: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd 公布论文: Laxmikant Kale,Robert Skeel,Milind Bhandarkar,Robert Brunner,Attila Gursoy,Neal Krawetz,James Ohillips,Aritomo Shinozaki,Krishnan Varadarajan,and Klaus Schulten. NAMD2: Greater scalability for parallel molecular dynamics.J. Comp. Phys.,151:283-312,1999. [ Last edited by HiPC on 2007-11-16 at 00:32 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
323求调剂
已经有6人回复
-
一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂
已经有4人回复
-
352求调剂
已经有3人回复
-
一志愿东华大学化学070300，求调剂
已经有8人回复
-
277材料科学与工程080500求调剂
已经有7人回复
-
317求调剂
已经有18人回复
-
293求调剂
已经有5人回复
-
280分求调剂 一志愿085802
已经有7人回复
-
0854电子信息求调剂
已经有3人回复
-
263求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
HiPC
至尊木虫 (初入文坛)
thinker
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 10129.2
- 帖子: 47
- 在线: 41.5小时
- 虫号: 443627
- 注册: 2007-10-27
- 性别: GG
- 专业: 计算机应用技术
2楼2007-11-17 14:22:56
weishenme
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 981.3
- 帖子: 128
- 在线: 52.6小时
- 虫号: 45892
- 注册: 2004-05-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2008-01-19 20:03:49
