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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 利用CPMD软件如何实现同时进行晶胞和胞内原子位置的优化
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baoyuan6969

金虫 (小有名气)

[求助] 利用CPMD软件如何实现同时进行晶胞和胞内原子位置的优化

如题，请教各位大神，利用CPMD进行DFT优化时，如何才能实现晶胞和晶胞内原子同时优化？
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凡天下事敢做敢为者为之。
1楼 2013-08-12 23:18:00
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
在&CPMD中使用如下关键词：
OPTIMIZE GEOMETRY XYZ
STEEPEST DESCENT CELL
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2楼2013-08-14 04:02:31
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一声叹息010

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-08-14 04:02:31
在&CPMD中使用如下关键词：
OPTIMIZE GEOMETRY XYZ
STEEPEST DESCENT CELL

应该指定cell的convergence吧，默认的值为1，太大了
我觉得应该添加下面两行
CONVERGENCE CELL
0.01

其实，官网[CPMD-list]有一个关于CELL optimization
http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2010-June/005071.html
能根据你的经验，点评一下这个邮件吗@ChemiAndy
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静则无息，动则无敌
3楼2013-08-14 10:59:13
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baoyuan6969

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-08-14 04:02:31
在&CPMD中使用如下关键词：
OPTIMIZE GEOMETRY XYZ
STEEPEST DESCENT CELL

非常感谢，但是系统提示不是应助回帖给不了金币。
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凡天下事敢做敢为者为之。
4楼2013-08-14 17:30:15
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 一声叹息010 at 2013-08-13 14:59:13
应该指定cell的convergence吧，默认的值为1，太大了
我觉得应该添加下面两行
CONVERGENCE CELL
0.01

其实，官网有一个关于CELL optimization
http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2010-June/005071 ...

提问的人说他的RESTART作业停在“ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES READ FROM FILE GEOMETRY"死掉了不动。”回复的人说，这个问题是因为输入文件中的坐标和restart中读取的坐标不一致，所以出错。他从前次运行的GEOMETRY文件中复制坐标到新文件中就可以了。
这个虽然是个奇怪的问题，但是好像已经解释清楚了啊？
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5楼2013-08-14 21:45:14
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by baoyuan6969 at 2013-08-13 21:30:15
非常感谢，但是系统提示不是应助回帖给不了金币。...

无需
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6楼2013-08-14 21:45:29
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一声叹息010

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-08-14 21:45:14
提问的人说他的RESTART作业停在“ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES READ FROM FILE GEOMETRY"死掉了不动。”回复的人说，这个问题是因为输入文件中的坐标和restart中读取的坐标不一致，所以出错。他从前次运 ...

我不太明白的是：既然是优化晶胞，为什么不明确指定cell的收敛标准，是因为指定了ORBITALS、GEOMETRY的标准后，已暗含限制了cell的收敛标准吗？

我曾经优化过一次晶胞，却发现优化前后没有任何变化

&CPMD
GEOMETRY OPTIMIZATION CELL XYZ   <--www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2010-June/005068.html
HESSIAN UNITY
CONVERGENCE
  1.0d-5 5.0d-4
LSD
STRUCTURE BONDS ANGLES DIHEDRALS
PRINT FORCES ON
PCG
GDIIS
5
TIMESTEP
  6.0
EMASS
  1100.0
MEMORY BIG
&END
  
&SYSTEM
SYMMETRY
  1
ANGSTROM
SCALE
CELL
  3.9238998890  1.0 1.0  0.0  0.0  0.0
CUTOFF
  100.0
MULTIPLICITY
1
&END

&DFT
FUNCTIONAL BLYP
&END  

&ATOMS
*Pt_MT_GIA_BLYP_SEMI.psp
LMAX=D LOC=S
  4
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.000000000         0.500000000         0.500000000
     0.500000000         0.000000000         0.500000000
     0.500000000         0.500000000         0.000000000
&END
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静则无息，动则无敌
7楼2013-08-14 22:05:24
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 一声叹息010 at 2013-08-14 02:05:24
我不太明白的是：既然是优化晶胞，为什么不明确指定cell的收敛标准，是因为指定了ORBITALS、GEOMETRY的标准后，已暗含限制了cell的收敛标准吗？

我曾经优化过一次晶胞，却发现优化前后没有任何变化

&CPM ...

你是对的，优化晶胞的话，需要指定CONVERGENCE CELL， 默认的收敛太松。
我的前次回复是针对你提到的[CPMD-maillist]讨论的。

你的这个输入文件没有指定cell优化。因为cell优化不是通过关键词
GEOMETRY OPTIMIZATION CELL
而是通过关键词：
STEEPEST DESCENT CELL

你提到的mailist上那个家伙虽然没有用STEEPEST DESCENT  CELL，但是他用了“TSDC CELL”，这个TSDC CELL就是STEEPEST DESCENT  CELL的缩写形式。你加上这个关键词试试。
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8楼2013-08-15 01:16:29
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