应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » CPMD/CP2K » 利用CPMD软件如何实现同时进行晶胞和胞内原子位置的优化
81/1返回列表
查看: 1719  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

baoyuan6969

金虫 (小有名气)

[求助] 利用CPMD软件如何实现同时进行晶胞和胞内原子位置的优化

如题，请教各位大神，利用CPMD进行DFT优化时，如何才能实现晶胞和晶胞内原子同时优化？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
凡天下事敢做敢为者为之。
1楼 2013-08-12 23:18:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
在&CPMD中使用如下关键词：
OPTIMIZE GEOMETRY XYZ
STEEPEST DESCENT CELL
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-08-14 04:02:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一声叹息010

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-08-14 04:02:31
在&CPMD中使用如下关键词：
OPTIMIZE GEOMETRY XYZ
STEEPEST DESCENT CELL

应该指定cell的convergence吧，默认的值为1，太大了
我觉得应该添加下面两行
CONVERGENCE CELL
0.01

其实，官网[CPMD-list]有一个关于CELL optimization
http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2010-June/005071.html
能根据你的经验，点评一下这个邮件吗@ChemiAndy
赞一下(1人) 回复此楼
静则无息，动则无敌
3楼2013-08-14 10:59:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baoyuan6969

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-08-14 04:02:31
在&CPMD中使用如下关键词：
OPTIMIZE GEOMETRY XYZ
STEEPEST DESCENT CELL

非常感谢，但是系统提示不是应助回帖给不了金币。
赞一下 回复此楼
凡天下事敢做敢为者为之。
4楼2013-08-14 17:30:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 一声叹息010 at 2013-08-13 14:59:13
应该指定cell的convergence吧，默认的值为1，太大了
我觉得应该添加下面两行
CONVERGENCE CELL
0.01

其实，官网有一个关于CELL optimization
http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2010-June/005071 ...

提问的人说他的RESTART作业停在“ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES READ FROM FILE GEOMETRY"死掉了不动。”回复的人说，这个问题是因为输入文件中的坐标和restart中读取的坐标不一致，所以出错。他从前次运行的GEOMETRY文件中复制坐标到新文件中就可以了。
这个虽然是个奇怪的问题，但是好像已经解释清楚了啊？
赞一下 回复此楼
5楼2013-08-14 21:45:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by baoyuan6969 at 2013-08-13 21:30:15
非常感谢，但是系统提示不是应助回帖给不了金币。...

无需
回复此楼
6楼2013-08-14 21:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一声叹息010

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-08-14 21:45:14
提问的人说他的RESTART作业停在“ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES READ FROM FILE GEOMETRY"死掉了不动。”回复的人说，这个问题是因为输入文件中的坐标和restart中读取的坐标不一致，所以出错。他从前次运 ...

我不太明白的是：既然是优化晶胞，为什么不明确指定cell的收敛标准，是因为指定了ORBITALS、GEOMETRY的标准后，已暗含限制了cell的收敛标准吗？

我曾经优化过一次晶胞，却发现优化前后没有任何变化

&CPMD
GEOMETRY OPTIMIZATION CELL XYZ   <--www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2010-June/005068.html
HESSIAN UNITY
CONVERGENCE
  1.0d-5 5.0d-4
LSD
STRUCTURE BONDS ANGLES DIHEDRALS
PRINT FORCES ON
PCG
GDIIS
5
TIMESTEP
  6.0
EMASS
  1100.0
MEMORY BIG
&END
  
&SYSTEM
SYMMETRY
  1
ANGSTROM
SCALE
CELL
  3.9238998890  1.0 1.0  0.0  0.0  0.0
CUTOFF
  100.0
MULTIPLICITY
1
&END

&DFT
FUNCTIONAL BLYP
&END  

&ATOMS
*Pt_MT_GIA_BLYP_SEMI.psp
LMAX=D LOC=S
  4
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.000000000         0.500000000         0.500000000
     0.500000000         0.000000000         0.500000000
     0.500000000         0.500000000         0.000000000
&END
赞一下 回复此楼
静则无息，动则无敌
7楼2013-08-14 22:05:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 一声叹息010 at 2013-08-14 02:05:24
我不太明白的是：既然是优化晶胞，为什么不明确指定cell的收敛标准，是因为指定了ORBITALS、GEOMETRY的标准后，已暗含限制了cell的收敛标准吗？

我曾经优化过一次晶胞，却发现优化前后没有任何变化

&CPM ...

你是对的，优化晶胞的话，需要指定CONVERGENCE CELL， 默认的收敛太松。
我的前次回复是针对你提到的[CPMD-maillist]讨论的。

你的这个输入文件没有指定cell优化。因为cell优化不是通过关键词
GEOMETRY OPTIMIZATION CELL
而是通过关键词：
STEEPEST DESCENT CELL

你提到的mailist上那个家伙虽然没有用STEEPEST DESCENT  CELL，但是他用了“TSDC CELL”，这个TSDC CELL就是STEEPEST DESCENT  CELL的缩写形式。你加上这个关键词试试。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2013-08-15 01:16:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baoyuan6969 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 302求调剂 +9 负心者当诛 2026-03-11 9/450 2026-03-17 17:13 by ruiyingmiao
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +3 困于星晨 2026-03-17 3/150 2026-03-17 14:08 by ms629
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 化学调剂0703 +8 啊我我的 2026-03-11 8/400 2026-03-16 17:23 by 我的船我的海
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 工科，求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭