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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » pi-pi堆积表格问题
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djhycu

银虫 (正式写手)

[交流] pi-pi堆积表格问题

有没有哪位大虾遇到过这样的问题,就是要求在CIF文件里面加入pi-pi堆积作用表格的.就像写氢键表格一样,但偶不知道格式啊.有哪位大虾知道的,麻烦给一个规范的格式.
先谢谢啦!
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1楼 2007-11-05 17:24:03
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lingzi326(金币+3,VIP+0):长见识了！
Extra tables

The following data names should be used.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_extra_tableA_col_1'
'_geom_extra_tableA_col_2'
'_geom_extra_tableA_col_3'
'_geom_extra_tableA_col_4'
'_geom_extra_tableA_col_5'
'_geom_extra_tableA_col_6'
'_geom_extra_tableA_col_7'
'_geom_extra_tableA_col_8'
'_geom_extra_tableA_col_9'
'_geom_extra_tableA_col_10'  
'_geom_extra_tableA_col_11'
'_geom_extra_tableA_col_12'
'_geom_extra_tableA_col_13'  
'_geom_extra_tableA_col_14'   # up to 14 columns
'_geom_extra_table_head_A'    # for table heading
'_geom_table_headnote_A'      # for table headnote if needed
'_geom_table_footnote_A'      # for table fn if needed

# and for a second extra table in the same datablock:

'_geom_extra_tableB_col_1'
'_geom_extra_tableB_col_2'
'_geom_extra_tableB_col_3'
'_geom_extra_tableB_col_4'
'_geom_extra_tableB_col_5'
'_geom_extra_tableB_col_6'
'_geom_extra_tableB_col_7'
'_geom_extra_tableB_col_8'
'_geom_extra_tableB_col_9'
'_geom_extra_tableB_col_10'   # up to ten columns
'_geom_extra_table_head_B'    # for table heading
'_geom_table_headnote_B'      # for table headnote if needed
'_geom_table_footnote_B'      # for table fn if needed




For example, adding the following lines to the CIF generates an exta table (Table 1), which is shown below as it would appear in the html version of the published paper.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_extra_tableA_col_1'
'_geom_extra_tableA_col_2'
'_geom_extra_tableA_col_3'
'_geom_extra_table_head_A'
'_geom_table_footnote_A'

loop_
_geom_extra_tableA_col_1
_geom_extra_tableA_col_2
_geom_extra_tableA_col_3
L                   'Pd---P' 'Pd---Br'
'PTA^a^'             2.320(1) 2.427(1)
'PPh~2~(o-Cl-Ph)^b^' 2.350(2) 2.423(1)
'DDEP^c^'            2.325(3) 2.412(1)
'DPA^d^'             2.322(2) 2.447(1)
'ppq^e^'             2.318(1) 2.435(1)
'DMPP^f^'            2.319(2) 2.433(1)
?                   2.313(2) 2.435(1)
'PPh~3~^g^'          2.34(4)  2.42(4)
'P(o-Tol)~3~^h^'     2.370(1) 2.445(2)

_geom_extra_table_head_A
;
Comparative geometrical parameters (\%A) for selected
trans-[PdBr~2~(L)~2~] (L = tertiary phosphine ligand) complexes
;

_geom_table_footnote_A
;
Notes: (a) this work;
(b) Coalter et al. (2000);
(c) Ganguly et al. (1992) [DDEP is 2-(diphenylphosphino)ethanephosphonate];
(d) Podlahova et al. (1979) (DPA is diphenylphosphinoacetic acid);
(e) Sembiring et al. (1995) (ppq is p-quinonyldiphenylphosphine);
(f) Wilson et al. (1996) (DMPP is 1-phenyl-3,4-dimethylphosphole);
(g) Stark et al. (1997);
(h) Vicente et al. (1997).
;

Contacts tables

The following data names should be used.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_contact_atom_site_label_1'
'_geom_contact_atom_site_label_2'
'_geom_contact_distance'
'_geom_contact_site_symmetry_1'
'_geom_contact_site_symmetry_2'
'_geom_contact_publ_flag'

loop_
_geom_contact_atom_site_label_1
_geom_contact_atom_site_label_2
_geom_contact_distance
_geom_contact_site_symmetry_1
_geom_contact_site_symmetry_2
_geom_contact_publ_flag
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2楼2007-11-06 08:25:28
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)
具体见这个网页：
http://journals.iucr.org/c/services/authorservices.html
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3楼2007-11-06 08:26:59
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goodluck2781

金虫 (小有名气)
我也对这个问题有疑问，因为象氢键都是在code.ins文件里的命令行加入htab精修后在code.lst中找到后再做，然后再重新精修，code.cif里变记录了氢键的信息，那么pi-pi堆积是否也是遵循了上述的步骤，那么得到它的信息的命令又是什么，还请高手能够帮忙回答。
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4楼2007-11-06 09:02:43
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zdc_2006

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by stevenabing at 2007-11-6 08:25:
Extra tables

The following data names should be used.

loop_
_publ_manuscript_incl_extra_item
'_geom_extra_tableA_col_1'
'_geom_extra_tableA_col_2'
'_geom_extra_tableA_col_3'
'_geom_extra ...

非常感谢!
真是大牛!
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5楼2007-11-06 09:54:38
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djhycu

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by stevenabing at 2007-11-6 08:26:
具体见这个网页：
http://journals.iucr.org/c/services/authorservices.html

谢谢赐教。
stevenabing，还要请都你一个问题，据说用PLATON能把这些geometrical data（pi-pi堆积）计算出来，你能帮忙教教如何使用PLATON来计算吗？
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6楼2007-11-06 10:06:14
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lingzi326(金币+3,VIP+0):多谢，很有用~~
我一般与WINGX连用，在wingx--〉analyse-->Calv all，计算完后，在你的文件目录生成一个名为platon.1st文件，打开可以找到很多有用的东西，包括环的构象，如椅式、船式、扭船式等，还有绝对构型参数，还有氢键参数，还有堆积参数，还有好多好多的东西。
platon一般不直接用，不好用，也可以通过与PWT联合使用，一般下载platon，人家都会推荐再下载一个PWT的，在pwt中也是有一栏publish--〉calv all，计算的结果保存在以你的文件名为名，后缀为lis的文件中，可以用记事本或写字板打开，晶体相关的文件一般都可以用这两个程序打开的。
其实wingx和pwt都是一个壳，他们把很多软件集合起来，然后给出一个图形界面，这样就好操作了。
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7楼2007-11-06 13:43:29
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douvei

金虫 (正式写手)
佩服，佩服
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欢迎访问无机超分子论坛： http://15151.5d6d.com/ 晶体解析/软件下载/超分子配位化学-应有尽有！！！ 晶体论坛小木虫博客 http://blog.emuch.net/134386/
8楼2007-11-14 02:49:23
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