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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派

[求助] 如何利用GULP拟合分子间势能曲线得出力场参数 已有1人参与

想利用两个分子间相互作用力做出的势能曲线拟合得出各个原子之间力场参数，不知GULP能否拟合出结果？

看到Gulp的observable中关于能量的energy，这个应该是total energy，能否通过设置力场参数使得分子间作用力 （这个应该可能通过设置力场参数使之为0）、静电作用力（设置电荷为0）、原子本身能量为0，从而使得energy的值就是分子间作用力？但原子本身能量怎样才能设置为0？

Gulp中有一个reaction energy，不知能否把两分子间作用力理解为reaction energy，来进行拟合呢？

看到mannual中有一句话：Unless these values have been converted to a binding or lattice energy with reference to the dissociated state of the species within the system then it is inappropriate to fit the absolute values of the energies. Consequently, the easiest solution is to include an additive energy shift parameter in the fit, such that only relative energies are actually fitted. 不知这个如何实现？

多谢高人指点！

[ Last edited by hjlyyc on 2013-7-29 at 05:28 ]
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天道酬勤!
1楼 2013-07-29 05:19:04
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zlf9452006

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
hjlyyc: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢！manual说的太简单了，没有多少例子分析，这个忽略分子内能量，是不是加个intermolecule关键词啊？ 2013-12-15 17:57:23
gulp就是专门拟合力场的，里面的设置可以满足你所以的要求，只不过设置起来有些麻烦。如果你用的量化势能面，就需要个好像是shift的参数，分子内的能量可以用几种方法，例如直接设置忽略分子内能量，或给成键作用设距离的cutoff等等。具体怎么设置记不得了，可以查manual。

[ 发自小木虫客户端 ]
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10楼2013-12-15 10:49:31
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
高人快出现吧
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天道酬勤!
3楼2013-07-31 20:54:39
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gx730

金虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 欢迎交流提问 2013-12-13 18:30:36
你好
我也想知道你是怎么解决的。有机分子力场参数的拟合用GULP可以实现吗？如何进行？
我现在主要是想拟合分子内某个基团的非键L-J参数，我用MS计算能量的时候是两个分子之间的能量，最后拟合出来的应该是整个分子的非键L-J参数，如何得到某个基团的呢？
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5楼2013-12-13 09:53:40
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
★
月只蓝: 金币+1, 感谢分享心得。 2013-12-14 08:54:26
引用回帖:
5楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-13 09:53:40
你好
我也想知道你是怎么解决的。有机分子力场参数的拟合用GULP可以实现吗？如何进行？
我现在主要是想拟合分子内某个基团的非键L-J参数，我用MS计算能量的时候是两个分子之间的能量，最后拟合出来的应该是整个分 ...

不好意思，这个问题我还没解决。
理论上你做出了势能曲线，势能是包含分子中各个原子的势能总和，你将每个原子之间的势能按照势能公式写出，再应用到势能曲线，就可以计算出或者拟合出各个原子之间的势能参数。
我现在可以选几个点计算出势能参数，但参数多了，的需要拟合，这就不会啦。
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天道酬勤!
6楼2013-12-13 17:03:38
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