应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 如何利用GULP拟合分子间势能曲线得出力场参数
51/1返回列表
查看: 3007  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派

[求助] 如何利用GULP拟合分子间势能曲线得出力场参数 已有1人参与

想利用两个分子间相互作用力做出的势能曲线拟合得出各个原子之间力场参数，不知GULP能否拟合出结果？

看到Gulp的observable中关于能量的energy，这个应该是total energy，能否通过设置力场参数使得分子间作用力 （这个应该可能通过设置力场参数使之为0）、静电作用力（设置电荷为0）、原子本身能量为0，从而使得energy的值就是分子间作用力？但原子本身能量怎样才能设置为0？

Gulp中有一个reaction energy，不知能否把两分子间作用力理解为reaction energy，来进行拟合呢？

看到mannual中有一句话：Unless these values have been converted to a binding or lattice energy with reference to the dissociated state of the species within the system then it is inappropriate to fit the absolute values of the energies. Consequently, the easiest solution is to include an additive energy shift parameter in the fit, such that only relative energies are actually fitted. 不知这个如何实现？

多谢高人指点！

[ Last edited by hjlyyc on 2013-7-29 at 05:28 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Amorphous cell

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
天道酬勤!
1楼 2013-07-29 05:19:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gx730

金虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 欢迎交流提问 2013-12-13 18:30:36
你好
我也想知道你是怎么解决的。有机分子力场参数的拟合用GULP可以实现吗？如何进行？
我现在主要是想拟合分子内某个基团的非键L-J参数，我用MS计算能量的时候是两个分子之间的能量，最后拟合出来的应该是整个分子的非键L-J参数，如何得到某个基团的呢？
赞一下 回复此楼
5楼2013-12-13 09:53:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
高人快出现吧
回复此楼
天道酬勤!
3楼2013-07-31 20:54:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
★
月只蓝: 金币+1, 感谢分享心得。 2013-12-14 08:54:26
引用回帖:
5楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-13 09:53:40
你好
我也想知道你是怎么解决的。有机分子力场参数的拟合用GULP可以实现吗？如何进行？
我现在主要是想拟合分子内某个基团的非键L-J参数，我用MS计算能量的时候是两个分子之间的能量，最后拟合出来的应该是整个分 ...

不好意思，这个问题我还没解决。
理论上你做出了势能曲线，势能是包含分子中各个原子的势能总和，你将每个原子之间的势能按照势能公式写出，再应用到势能曲线，就可以计算出或者拟合出各个原子之间的势能参数。
我现在可以选几个点计算出势能参数，但参数多了，的需要拟合，这就不会啦。
赞一下 回复此楼
天道酬勤!
6楼2013-12-13 17:03:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gx730

金虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 欢迎交流 2013-12-13 18:31:28
引用回帖:
6楼: Originally posted by hjlyyc at 2013-12-13 17:03:38
不好意思，这个问题我还没解决。
理论上你做出了势能曲线，势能是包含分子中各个原子的势能总和，你将每个原子之间的势能按照势能公式写出，再应用到势能曲线，就可以计算出或者拟合出各个原子之间的势能参数。
...

不好意思，我没有理解清楚你所说的。希望你能详细给我讲一下，非常感谢。
我现在用的是TraPPE联合原子力场，势能函数L-J 12-6,只需要拟合两个参数：范德华直径和势阱
我所研究的分子内有六个基团，把每个原子之间的势能按照势能公式写出，再应用到势能曲线，这时候也就是说会有12个拟合参数，这样该如何操作呢？
赞一下 回复此楼
7楼2013-12-13 17:39:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭