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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 如何利用GULP拟合分子间势能曲线得出力场参数
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派

[求助] 如何利用GULP拟合分子间势能曲线得出力场参数 已有1人参与

想利用两个分子间相互作用力做出的势能曲线拟合得出各个原子之间力场参数，不知GULP能否拟合出结果？

看到Gulp的observable中关于能量的energy，这个应该是total energy，能否通过设置力场参数使得分子间作用力 （这个应该可能通过设置力场参数使之为0）、静电作用力（设置电荷为0）、原子本身能量为0，从而使得energy的值就是分子间作用力？但原子本身能量怎样才能设置为0？

Gulp中有一个reaction energy，不知能否把两分子间作用力理解为reaction energy，来进行拟合呢？

看到mannual中有一句话：Unless these values have been converted to a binding or lattice energy with reference to the dissociated state of the species within the system then it is inappropriate to fit the absolute values of the energies. Consequently, the easiest solution is to include an additive energy shift parameter in the fit, such that only relative energies are actually fitted. 不知这个如何实现？

多谢高人指点！

[ Last edited by hjlyyc on 2013-7-29 at 05:28 ]
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天道酬勤!
1楼 2013-07-29 05:19:04
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
神啊，救救我吧
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天道酬勤!
2楼2013-07-29 21:47:23
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
高人快出现吧
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天道酬勤!
3楼2013-07-31 20:54:39
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zhou2009

版主 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 欢迎交流 2013-12-13 18:31:00
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4楼2013-08-02 07:35:43
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gx730

金虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 欢迎交流提问 2013-12-13 18:30:36
你好
我也想知道你是怎么解决的。有机分子力场参数的拟合用GULP可以实现吗？如何进行？
我现在主要是想拟合分子内某个基团的非键L-J参数，我用MS计算能量的时候是两个分子之间的能量，最后拟合出来的应该是整个分子的非键L-J参数，如何得到某个基团的呢？
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5楼2013-12-13 09:53:40
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
★
月只蓝: 金币+1, 感谢分享心得。 2013-12-14 08:54:26
引用回帖:
5楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-13 09:53:40
你好
我也想知道你是怎么解决的。有机分子力场参数的拟合用GULP可以实现吗？如何进行？
我现在主要是想拟合分子内某个基团的非键L-J参数，我用MS计算能量的时候是两个分子之间的能量，最后拟合出来的应该是整个分 ...

不好意思，这个问题我还没解决。
理论上你做出了势能曲线，势能是包含分子中各个原子的势能总和，你将每个原子之间的势能按照势能公式写出，再应用到势能曲线，就可以计算出或者拟合出各个原子之间的势能参数。
我现在可以选几个点计算出势能参数，但参数多了，的需要拟合，这就不会啦。
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天道酬勤!
6楼2013-12-13 17:03:38
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gx730

金虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 欢迎交流 2013-12-13 18:31:28
引用回帖:
6楼: Originally posted by hjlyyc at 2013-12-13 17:03:38
不好意思，这个问题我还没解决。
理论上你做出了势能曲线，势能是包含分子中各个原子的势能总和，你将每个原子之间的势能按照势能公式写出，再应用到势能曲线，就可以计算出或者拟合出各个原子之间的势能参数。
...

不好意思，我没有理解清楚你所说的。希望你能详细给我讲一下，非常感谢。
我现在用的是TraPPE联合原子力场，势能函数L-J 12-6,只需要拟合两个参数：范德华直径和势阱
我所研究的分子内有六个基团，把每个原子之间的势能按照势能公式写出，再应用到势能曲线，这时候也就是说会有12个拟合参数，这样该如何操作呢？
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7楼2013-12-13 17:39:33
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
引用回帖:
7楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-13 17:39:33
不好意思，我没有理解清楚你所说的。希望你能详细给我讲一下，非常感谢。
我现在用的是TraPPE联合原子力场，势能函数L-J 12-6,只需要拟合两个参数：范德华直径和势阱
我所研究的分子内有六个基团，把每个原子之间 ...

我不太清楚你这个力场，一般情况计算都是要知道每个原子之间的力场参数吧，不太清楚基团之间如此计算。
不好意思
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8楼2013-12-13 23:16:39
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hjlyyc at 2013-12-13 23:16:39
我不太清楚你这个力场，一般情况计算都是要知道每个原子之间的力场参数吧，不太清楚基团之间如此计算。
不好意思...

我用的是TraPPE-UA力场，氢固定在与之相连的碳上。
我想要得到的就是分子内的CHo=c(sp2)这个基团的非键LJ参数
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9楼2013-12-14 09:45:50
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zlf9452006

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
hjlyyc: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢！manual说的太简单了，没有多少例子分析，这个忽略分子内能量，是不是加个intermolecule关键词啊？ 2013-12-15 17:57:23
gulp就是专门拟合力场的，里面的设置可以满足你所以的要求，只不过设置起来有些麻烦。如果你用的量化势能面，就需要个好像是shift的参数，分子内的能量可以用几种方法，例如直接设置忽略分子内能量，或给成键作用设距离的cutoff等等。具体怎么设置记不得了，可以查manual。

[ 发自小木虫客户端 ]
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10楼2013-12-15 10:49:31
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