| 查看: 1086 | 回复: 25 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
njut007银虫 (小有名气)
|
[交流]
求助：MOPAC优化阳离子程序问题
|
||
|
用MOPAC优化一个阳离子，自己编了输入的程序，但是运行老是出错 错误情况如下： 原部分编程如下（其中第二个N为+1价）： C 0.000000 0 0.000000 0 0.000000 0 0 0 0 N 1.319960 0 0.000000 0 0.000000 0 1 0 0 C 1.319053 1 110.870396 1 0.000000 0 2 1 0 C 1.405313 0 105.679277 0 -0.017126 0 3 2 1 N 1.319383 0 105.774905 0 -0.006257 0 1 2 3 C 1.441586 0 124.512243 0 -179.994714 0 2 1 5 C 1.442559 1 124.638443 1 179.988212 1 5 1 2 H 1.070000 1 126.558156 1 179.961790 1 1 2 3 H 1.070000 0 127.160361 0 179.982874 0 3 2 1 H 1.070000 0 127.112547 0 179.993743 0 4 3 2 H 1.070000 0 109.471221 0 0.000000 0 6 2 1 H 1.070000 1 109.471221 1 -120.000000 1 6 2 1 H 1.070000 1 109.471221 1 120.000000 1 6 2 1 但是运行结果提示读入出错： The fault detected is in the last line printed GEOMETRY IS FAULTY. GEOMETRY READ IN IS： C 1.405313 0 105.679277 0 -0.017126 0 3 2 1 N 1.319383 0 105.774905 0 -0.006257 0 1 C 1.441586 0 124.512243 0 -179.9947 1 4 0 2 N 1.442559 1 1.000000 1 1.000000 1 1 5 0 O 1.070000 1 1.000000 1 1.000000 1 1 1 0 The fault detected is in the last line printed GEOMETRY IS FAULTY. GEOMETRY READ IN IS： H 1.070000 0 127.160361 0 179.982874 0 3 2 1 H 1.070000 0 127.112547 0 179.993743 0 4 H 1.070000 0 109.471221 0 0.000000 0 6 Mg 1.070000 1 1.000000 1 1.000000 -1 1 6 0 Al 1.070000 1 1.000000 1 1.000000 1 1 6 0 不知道是什么原因，会不会是跟我优化的是阳离子有关，系统默认 N 价键不符合？？望指点修改 |
回复此楼» 猜你喜欢
分子动力学 Plumed教程求助
已经有0人回复
-
研究生学术新锐奖｜宁波微纳材料研讨会参会通知
已经有2人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有121人回复
-
申请2027年材料/化学类博士
已经有6人回复
-
求相关合成条件
已经有14人回复
-
2027春季申博自荐
已经有6人回复
-
青基的材料青椒们，可以把硕士联培生送我这里，要研二男生
已经有68人回复
-
申博
已经有2人回复
njut007
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 144.5
- 帖子: 143
- 在线: 16.3小时
- 虫号: 436568
- 注册: 2007-08-25
- 性别: MM
- 专业: 有机分子功能材料化学
|
我去掉了，可还是不行 原来的问题解决了，可是好像又说是原子连接性不对，我的都是自动生成的数据，应该没错的，是我的版本问题吗？ 错误报告： Connectivity of atom 4 ( 3 2 0) is faulty Connectivity of atom 5 ( 4 3 0) is faulty Connectivity of atom 6 ( 2 1 0) is faulty Connectivity of atom 7 ( 5 4 0) is faulty Connectivity of atom 8 ( 1 5 0) is faulty Connectivity of atom 9 ( 3 2 0) is faulty Connectivity of atom 10 ( 4 3 0) is faulty Connectivity of atom 11 ( 6 2 0) is faulty Connectivity of atom 12 ( 6 2 0) is faulty Connectivity of atom 13 ( 6 2 0) is faulty Connectivity of atom 14 ( 7 5 0) is faulty Connectivity of atom 15 ( 7 5 0) is faulty Connectivity of atom 16 ( 7 5 0) is faulty GEOMETRY IS FAULTY. GEOMETRY READ IN IS AM1 POLAR ENPART PRECISE SYMMETRY BONDS CHARGE=1 [No Title] C 0.000000 0 0.000000 0 0.000000 0 0 0 0 N 1.319960 0 0.000000 0 0.000000 0 1 0 0 C 1.319053 1 110.870396 1 0.000000 0 2 1 0 C 1.405313 1 105.679277 1 -0.017126 0 3 2 0 N 1.319383 1 105.774905 1 -0.006257 0 4 3 0 C 1.441586 1 124.512243 1 -179.994714 0 2 1 0 C 1.442559 1 124.638443 1 179.988212 1 5 4 0 H 1.070000 1 126.558156 1 179.961790 1 1 5 0 H 1.070000 1 127.160361 1 179.982874 1 3 2 0 H 1.070000 1 127.112547 1 179.993743 1 4 3 0 H 1.070000 1 109.471221 1 0.000000 1 6 2 0 H 1.070000 1 109.471221 1 -120.000000 1 6 2 0 H 1.070000 1 109.471221 1 120.000000 1 6 2 0 H 1.070000 1 109.471221 1 -179.955346 1 7 5 0 H 1.070000 1 109.471221 1 -59.955346 1 7 5 0 H 1.070000 1 109.471221 1 60.044654 1 7 5 0 The fault detected is in the last line printed |
21楼2007-11-04 10:59:04
snoopyzhao
至尊木虫 (职业作家)
- QC强帖: 1
- 应助: 157 (高中生)
- 贵宾: 0.02
- 金币: 18844.7
- 红花: 29
- 帖子: 3803
- 在线: 1422.4小时
- 虫号: 183750
- 注册: 2006-02-13
- 专业: 污染生态化学
2楼2007-11-03 11:38:08
alwens
铁杆木虫 (正式写手)
老木虫
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.45
- 金币: 5208.8
- 散金: 50
- 帖子: 994
- 在线: 807.1小时
- 虫号: 8486
- 注册: 2003-04-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2007-11-03 14:26:28
njut007
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 144.5
- 帖子: 143
- 在线: 16.3小时
- 虫号: 436568
- 注册: 2007-08-25
- 性别: MM
- 专业: 有机分子功能材料化学
4楼2007-11-03 16:08:50