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njut007

银虫 (小有名气)

[交流] 求助:MOPAC优化阳离子程序问题

用MOPAC优化一个阳离子,自己编了输入的程序,但是运行老是出错
错误情况如下:
原部分编程如下(其中第二个N为+1价):
  C            0.000000   0   0.000000    0    0.000000      0     0     0     0
  N            1.319960   0  0.000000     0    0.000000      0     1     0     0   
  C            1.319053   1  110.870396   1    0.000000     0     2     1     0  
  C            1.405313   0  105.679277   0   -0.017126      0     3     2     1
  N            1.319383   0  105.774905   0   -0.006257      0     1     2     3
  C            1.441586   0  124.512243   0   -179.994714   0     2     1     5
  C            1.442559   1  124.638443   1   179.988212    1     5     1     2
  H            1.070000   1  126.558156   1   179.961790    1     1     2     3
  H            1.070000   0  127.160361   0   179.982874    0     3     2     1
  H            1.070000   0  127.112547   0   179.993743    0     4     3     2
  H            1.070000   0  109.471221   0   0.000000       0     6     2     1
  H            1.070000   1  109.471221   1   -120.000000   1     6     2     1
  H            1.070000   1  109.471221   1   120.000000    1     6     2     1

但是运行结果提示读入出错:
The fault detected is in the last line printed
GEOMETRY IS FAULTY.  GEOMETRY READ IN IS:
C            1.405313   0  105.679277   0   -0.017126     0      3     2     1
N            1.319383   0  105.774905   0   -0.006257     0      1
C            1.441586   0  124.512243   0   -179.9947      1      4    0     2
N            1.442559   1   1.000000     1    1.000000      1      1     5     0
O            1.070000   1   1.000000     1    1.000000      1      1     1     0  
The fault detected is in the last line printed
GEOMETRY IS FAULTY.  GEOMETRY READ IN IS:
H            1.070000   0  127.160361   0   179.982874    0     3     2     1
H            1.070000   0  127.112547   0   179.993743    0     4
H            1.070000   0  109.471221   0   0.000000       0     6
Mg           1.070000  1   1.000000     1    1.000000     -1      1     6     0
Al           1.070000   1   1.000000      1    1.000000      1     1     6     0  
不知道是什么原因,会不会是跟我优化的是阳离子有关,系统默认 N 价键不符合??望指点修改
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
njut007(金币+8,VIP+0):谢谢一直关注本贴,谢谢帮助解决问题,谢谢
最好把整个输入文件全部给出来,包括关键词部分
2楼2007-11-03 11:38:08
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫

★ ★
njut007(金币+2,VIP+0):谢谢帮忙,谢谢
嗯,你关键词里有没有写charge=1?
万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓?
3楼2007-11-03 14:26:28
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njut007

银虫 (小有名气)

没写等于charge=1,我添加下试试??
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4楼2007-11-03 16:08:50
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njut007

银虫 (小有名气)

关键词是这样的
AM1  POLAR DIPOLE ENPART PRECISE SYMMETRY BONDS
[No Title]
我添加了charge=1 可是还是不行啊,结果还是一样
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5楼2007-11-03 16:20:48
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njut007

银虫 (小有名气)

上面的的关键词加上主题贴就是整个程序了
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6楼2007-11-03 16:24:22
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫

关键词没什么问题,但是初始几何构型可能不大对。
我把你的输入文件转成mol2格式看了一下,
是空间上很不合理的一些点。
仔细检查一下你的内坐标有没有问题。
万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓?
7楼2007-11-03 17:40:19
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

AM1  POLAR DIPOLE ENPART PRECISE SYMMETRY BONDS CHARGE=1
[No Title]

  C            0.000000   0   0.000000    0    0.000000      0     0     0     0
  N            1.319960   0  0.000000     0    0.000000      0     1     0     0   
  C            1.319053   1  110.870396   1    0.000000     0     2     1     0  
  C            1.405313   0  105.679277   0   -0.017126      0     3     2     1
  N            1.319383   0  105.774905   0   -0.006257      0     1     2     3
  C            1.441586   0  124.512243   0   -179.994714   0     2     1     5
  C            1.442559   1  124.638443   1   179.988212    1     5     1     2
  H            1.070000   1  126.558156   1   179.961790    1     1     2     3
  H            1.070000   0  127.160361   0   179.982874    0     3     2     1
  H            1.070000   0  127.112547   0   179.993743    0     4     3     2
  H            1.070000   0  109.471221   0   0.000000       0     6     2     1
  H            1.070000   1  109.471221   1   -120.000000   1     6     2     1
  H            1.070000   1  109.471221   1   120.000000    1     6     2     1

------
这是你的输入文件,注意最后面的那个空行,严格意义上来说是必须的。但似乎也不绝对。

只是关键词部分似乎有一些问题。比如 chemoffice 2004 中的 mopac 2000 提示,POLAR 不能用在开壳的RHF 计算中。但 MOPAC 2007 便无此提示。

不过在 2007 中, DIPOLE 成了不可识别的关键词,呵呵
8楼2007-11-03 17:41:04
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫

如果是不可识别的关键词会有相应报错的,
这个报错是说初始结构不合理
万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓?
9楼2007-11-03 17:59:52
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

mopac2007 只是提示说 dipole 是不可识别的关键词, 去掉之后就一切正常了。或许应该查一下 mopac 2007 的手册,看看是否是去掉了一些……
10楼2007-11-03 18:05:06
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