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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的使用？
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mambatu

金虫 (小有名气)

[求助] The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的使用？ 已有3人参与

会用The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的虫子麻烦给点指导，最近一直在摸索，可是效果果断不行啊，各种感谢！！
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1楼 2013-07-21 16:41:40
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一生为你

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

TCGA 中SNP的样本为什么会有四个txt？
有人知道这些名字的区别吗？是ＴＣＧＡ数据库的SNP数据
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.hg18.seg.txt
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.hg19.seg.txt
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.nocnv_hg18.seg.txt
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.nocnv_hg19.seg.txt
最后两个名字中nocnv代表什么意思
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4楼2013-12-21 16:06:45
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baimili

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同求啊。。。没搞明白怎么用。。。
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2楼2013-10-25 22:27:20
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wujing91

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

请问楼上的有没有搞明白，同样求帮助
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加油哦!
3楼2013-11-27 09:24:10
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yilin3201

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 一生为你 at 2013-12-21 16:06:45
TCGA 中SNP的样本为什么会有四个txt？
有人知道这些名字的区别吗？是ＴＣＧＡ数据库的SNP数据
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.hg18.seg.txt
broad.mit.edu__Gen ...

1. hg18/hg19 are the name of different version of human genome.
2. "nocnv" just means that germline CN variations are removed. In TCGA, they ran SNP arrays on normal tissue too.
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祈祷更好的一天，
5楼2015-02-25 02:01:17
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