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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的使用？
汕头大学海洋科学接受调剂
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mambatu

金虫 (小有名气)

[求助] The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的使用？ 已有3人参与

会用The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的虫子麻烦给点指导，最近一直在摸索，可是效果果断不行啊，各种感谢！！
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1楼 2013-07-21 16:41:40
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baimili

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同求啊。。。没搞明白怎么用。。。
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2楼2013-10-25 22:27:20
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wujing91

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

请问楼上的有没有搞明白，同样求帮助
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加油哦!
3楼2013-11-27 09:24:10
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一生为你

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

TCGA 中SNP的样本为什么会有四个txt？
有人知道这些名字的区别吗？是ＴＣＧＡ数据库的SNP数据
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.hg18.seg.txt
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.hg19.seg.txt
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.nocnv_hg18.seg.txt
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.nocnv_hg19.seg.txt
最后两个名字中nocnv代表什么意思
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4楼2013-12-21 16:06:45
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yilin3201

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 一生为你 at 2013-12-21 16:06:45
TCGA 中SNP的样本为什么会有四个txt？
有人知道这些名字的区别吗？是ＴＣＧＡ数据库的SNP数据
broad.mit.edu__Genome_Wide_SNP_6__TCGA-05-4244-01A-01D-1877-01__snp_analysis.hg18.seg.txt
broad.mit.edu__Gen ...

1. hg18/hg19 are the name of different version of human genome.
2. "nocnv" just means that germline CN variations are removed. In TCGA, they ran SNP arrays on normal tissue too.
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祈祷更好的一天，
5楼2015-02-25 02:01:17
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htt12119

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yilin3201 at 2015-02-25 02:01:17
1. hg18/hg19 are the name of different version of human genome.
2. "nocnv" just means that germline CN variations are removed. In TCGA, they ran SNP arrays on normal tissue too....

下载的文件到底怎么看啊？感觉好乱。。。
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6楼2015-10-15 20:31:19
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Jacob3

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by htt12119 at 2015-10-15 20:31:19
下载的文件到底怎么看啊？感觉好乱。。。...

如果你下载得到的是txt格式，可以全选里面的内容，复制粘贴到excel里，这样会看得清楚每个colums和rows代表什么
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7楼2016-03-10 12:14:05
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