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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS过渡态计算求助
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尸兄

铜虫 (初入文坛)

[求助] MS过渡态计算求助

分子优化前的结构与优化后的结构之间（不是反应物和生成物）可以计算过渡态吗？要用什么方法计算？有教程的话更好
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1楼 2013-07-20 20:02:01
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qyyos

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不可以，计算每一步的前提都是要优化构型，你不优化构型还想在他俩之间找过渡态，小子你想啥呢？？
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心有猛虎,细嗅蔷薇.
2楼2013-07-21 09:24:24
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qyyos at 2013-07-21 09:24:24
不可以，计算每一步的前提都是要优化构型，你不优化构型还想在他俩之间找过渡态，小子你想啥呢？？

从势能面的角度，我觉得优化前分子结构到优化后分子结构之间应该没有鞍点，即没有过渡态。
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相逢是缘！
3楼2013-07-21 10:18:28
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尸兄

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qyyos at 2013-07-21 09:24:24
不可以，计算每一步的前提都是要优化构型，你不优化构型还想在他俩之间找过渡态，小子你想啥呢？？

也就是说只有两个优化后的结果才能将他们分别作为反应物和生成物来计算过渡态吗？
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4楼2013-07-21 10:20:05
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尸兄

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangfan2192 at 2013-07-21 10:18:28
从势能面的角度，我觉得优化前分子结构到优化后分子结构之间应该没有鞍点，即没有过渡态。...

鞍点是什么？能具体说明下吗？什么样的分子时间有鞍点？
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5楼2013-07-21 10:22:29
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 尸兄 at 2013-07-21 10:22:29
鞍点是什么？能具体说明下吗？什么样的分子时间有鞍点？...

额，过渡态就是势能面上的鞍点，是那种从反应物到产物的所有路径中最低的一个鞍点。你可以看看势能面图便可理解。
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相逢是缘！
6楼2013-07-21 10:29:30
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qyyos

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
尸兄: 金币+11, ★有帮助, 谢了 2013-07-23 17:34:04
引用回帖:
4楼: Originally posted by 尸兄 at 2013-07-21 10:20:05
也就是说只有两个优化后的结果才能将他们分别作为反应物和生成物来计算过渡态吗？...

是的，一个没优化过的构型，是不能拿来直接用的
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心有猛虎,细嗅蔷薇.
7楼2013-07-22 08:34:30
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