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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 扩增一个基因
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金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
同意10楼，玉米基因组貌似比较复杂多变
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11楼2013-07-16 07:22:55
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fanwq258

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by bioysy at 2013-07-16 00:37:21
的确有可能这个品种的DNA这个基因扩不出来,比如这个基因发生了插入/缺失的变异.所以，你可以多拿几个品种试下.另外可能是引物的问题了,重新再多弄几对引物

我用的玉米种子就是普通大田中用的杂交种子，种子公司买的，会是这个品种的问题吗？
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
12楼2013-07-16 08:51:15
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wangweida2

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-07-17 00:33:06
引用回帖:
8楼: Originally posted by fanwq258 at 2013-07-15 17:32:52
这个基因我是通过拟南芥的该基因序列blast出来的，拟南芥中这个基因是研究的挺热的一个基因，因此我想研究玉米中该基因的功能，可是，现在第一步就卡住了，...

我觉得有这种可能性，玉米也应该有许多不同品种的吧？会不会你选的这种玉米没有这个基因或者没有表达？提取基因组再设计引物做个PCR检测一下有没有这个基因呢？如果还是没有产物应该就是没有这个基因。因为你试了这么多条件一直没有产物，我觉得是你反应条件或者反应体系的原因的可能性挺小的。
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13楼2013-07-16 09:10:49
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yangjianchen

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 是的，还要考虑基因表达的丰度问题！ 2013-07-17 00:33:34
这段序列很像是一段mRNA序列，建议用反转录的cDNA试试，注意表达的组织和时空特异性哦
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14楼2013-07-16 22:49:06
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fanwq258

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by yangjianchen at 2013-07-16 22:49:06
这段序列很像是一段mRNA序列，建议用反转录的cDNA试试，注意表达的组织和时空特异性哦

我就是用的反转录的cDNA扩增的，可是就是扩不出来啊。
表达的组织和时空特异性要怎么弄呢？
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
15楼2013-07-17 08:29:09
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wangweida2

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by yangjianchen at 2013-07-16 22:49:06
这段序列很像是一段mRNA序列，建议用反转录的cDNA试试，注意表达的组织和时空特异性哦

你见过用mRNA作为模板扩增的吗？
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16楼2013-07-17 09:33:27
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huanghznd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
除了引物设计这一关键因素之外，我强烈建议LZ使用梯度PCR扩增,另外，引物和dNTP的使用终浓度都提高10倍。
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17楼2013-07-17 10:21:11
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fanwq258

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by huanghznd at 2013-07-17 10:21:11
除了引物设计这一关键因素之外，我强烈建议LZ使用梯度PCR扩增,另外，引物和dNTP的使用终浓度都提高10倍。

10倍？是不是有点儿高啊？
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
18楼2013-07-17 10:24:53
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huanghznd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
18楼: Originally posted by fanwq258 at 2013-07-17 10:24:53
10倍？是不是有点儿高啊？...

扩不出来的时候可以试试。我一般直接从真核基因组上扩增的时候，都用用高一点
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19楼2013-07-17 10:43:29
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fanwq258

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by huanghznd at 2013-07-17 10:43:29
扩不出来的时候可以试试。我一般直接从真核基因组上扩增的时候，都用用高一点...

嗯 ，好嘞，我试试，3q
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
20楼2013-07-17 11:05:55
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