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fanwq258

木虫 (正式写手)

[求助] 扩增一个基因

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/BT017850
链接里的这个基因是blast出来的,但是引物设计了多次了,都没有扩出来,不知道是怎么回事,是不是这段序列本身就是错误的呢?
求高人指点,小弟不胜感激。
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要么好好活,要么死,拒绝半死不活
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wangweida2

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-07-17 00:33:06
引用回帖:
8楼: Originally posted by fanwq258 at 2013-07-15 17:32:52
这个基因我是通过拟南芥的该基因序列blast出来的,拟南芥中这个基因是研究的挺热的一个基因,因此我想研究玉米中该基因的功能,可是,现在第一步就卡住了,...

我觉得有这种可能性,玉米也应该有许多不同品种的吧?会不会你选的这种玉米没有这个基因或者没有表达?提取基因组再设计引物做个PCR检测一下有没有这个基因呢?如果还是没有产物应该就是没有这个基因。因为你试了这么多条件一直没有产物,我觉得是你反应条件或者反应体系的原因的可能性挺小的。
13楼2013-07-16 09:10:49
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fanwq258

木虫 (正式写手)

求解

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
要么好好活,要么死,拒绝半死不活
2楼2013-07-15 09:55:01
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wangweida2

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-15 20:20:34
没有产物的可能原因有很多,但是序列本身就是错误的可能性不大。你可以先从提取的模板开始检查,RNA提取质量如何,逆转录效率如何。模板确定没有问题后检查引物,引物设计是否遵循基本原则,方向有没有弄错等等。可能问题一步步解决。
3楼2013-07-15 14:28:58
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nxguojunxian

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-07-15 20:20:47
1949stone: 回帖置顶 2013-07-16 08:14:11
序列不会是错误的,可能您的序列和链接中的序列有些差异,但一般库里公布的序列是没有问题的,因此建议您从模板,引物,PCR反应体系上找原因:1模板的质量,最好扩增之前跑一下模板,对模板的质量包括浓度和纯度有个大概了解。
2引物设计是否合理,包括GC含量,TM值等,一般GC含量在40-60%,TM在55-65度比较好,2个引物的TM值还不能差异太大,另外还要注意设计引物注意避开发夹结构,二聚体,碱基错配等。
3 PCR体系一般不会有问题,模板质量不好多加一些,质量好稀释少加些。
4 退火温度梯度实验。
4楼2013-07-15 15:50:52
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