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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 通过质谱的质量位移确定分子式
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nie9568

铜虫 (小有名气)

[交流] 通过质谱的质量位移确定分子式 已有1人参与

各位大神 我现在做蛋白质的修饰，加入我通过质谱知道蛋白质某一个氨基酸侧链被修饰，而且通过通过计算知道了修饰的精确分子量，现在我要确定这个修饰的分子式。请问用什么软件来计算可能的分子式或者分子结构呢？
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1楼 2013-07-07 15:10:05
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1949stone: 回帖置顶 2013-07-08 08:10:19
kx444555: 金币+5, 鼓励交流 2013-07-08 08:50:29
1.Method in Enzymology Vol-402 Biological Mass Spectrometry(2005,)免费下载
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5795342

2.复杂样品的综合分析——剖析技术概论（对分析复杂未知样品非常有用啊）
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3670419

自己去看吧，我自己参加讨论蛋白质质谱分析的两个贴现在一时找不到了。
你要是想根据肽段的分子量搜索出未知蛋白质的名称、结构和可能的功能用MS-FIF,SALSA(Tandem MS),Sequest 等软件都可以，但是如果你想测定蛋白质的人为的修饰的有机小分子，而且数据库里没有这种修饰的蛋白质，那不是质谱数据库的问题，那要就和红外光谱，质谱，紫外光谱等人工解析出有机小分子的结构式了。参见：复杂样品的综合分析——剖析技术概论，解析有机小分子确定分子质量是第一步，而后结合红外光谱判定各个共价键的类型和排布，再接合上紫外光谱，基本上不能确定，因为分子量小。如果是结合上了有机高分子到蛋白质分子上，你还不知道结合的是什么，那建议用NMR测定吧。

下面两贴，参考一下：
3. 高分辨率质谱，如581.2131，582.2162，我可以推出分子式吗http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5676944

4. UV，IR，MS，NMR各自的原理以及各能提供哪些结构信息
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5524502
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2楼2013-07-07 22:28:46
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普通回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我昨天刚参看了些材料，现在也有直接用质谱分析生物大分子的有机修饰小分子的，比如磷酸分子，主要是通过质谱击碎已知的连接与多肽链上的有机分子后产生的m/Z的特征峰的数据形成一个数据库，然后就可以直接从质谱击碎分子后产生的m/Z的特征峰的数据既可以到该数据库直接查找和比对以便确定修饰的有机小分子的类型，不过好像现在数据库还很不完整，没有投入实用。

另外，MALDI-MS和ESI-MS都可以用于研究蛋白质-蛋白质的非共价的相互作用，我原来认为ESI-MS不能用于研究蛋白质-蛋白质的非共价的相互作用，这是不对的。
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3楼2013-07-11 01:25:43
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