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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 怎样在Forcite模块得到较低密度的体系
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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 怎样在Forcite模块得到较低密度的体系

Forcite模块的动力学计算部分有好多系综，可以通过NPT等给体系施加一定压力，达到自己想要的密度。
但如果体系的目标密度很低（如0.01g/cc），即体系孔隙率很大，这个密度应该怎么得到呢？
我的想法是在NPT系综里对P取负值，刚才模拟了一个小的动力学，可以使体系密度降低，但这样做到底可不可取呢？
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1楼 2013-07-01 05:04:02
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klaus1987

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
lucaca: 金币+1 2013-07-01 22:38:33
lucaca: 金币+5 2013-07-02 00:13:14
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-02 18:38:29
在Amorphous Cell 建立盒子的时候可以设定密度。结构优化的时侯可以不勾选优化盒子，这样密度就不会变化。动力学模拟如果是NPT的话，密度肯定是变化的，因为盒子的大小在变。NVT动力学的话，密度就是不变的了，因为盒子的体积不变。
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4楼2013-07-01 15:26:09
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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-07-01 15:26:09
在Amorphous Cell 建立盒子的时候可以设定密度。结构优化的时侯可以不勾选优化盒子，这样密度就不会变化。动力学模拟如果是NPT的话，密度肯定是变化的，因为盒子的大小在变。NVT动力学的话，密度就是不变的了，因为 ...

对，是这样的，如果一直使用NVT系综而不使用别的系综，那使用Forcite模块计算amorphous聚合物的结果可靠不？或者说，什么样的体系适合始终用NVT进行平衡。
其实还有一点疑问，如果在NPT里将P设成负压，跑出来的结果可不可靠？昨天简单跑了一个模型，可以将体系密度减小，但不是特别清楚计算结果的准确性
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5楼2013-07-01 22:46:12
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klaus1987

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by lucaca at 2013-07-01 22:46:12
对，是这样的，如果一直使用NVT系综而不使用别的系综，那使用Forcite模块计算amorphous聚合物的结果可靠不？或者说，什么样的体系适合始终用NVT进行平衡。
其实还有一点疑问，如果在NPT里将P设成负压，跑出来的结 ...

一般来说NPT更接近实际物体所处的环境。
负压的问题，建议你看一下帮助里恒压方法的介绍，里面有原始公式，具体的我也没研究过。
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6楼2013-07-02 08:57:39
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董晓阳

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，我想问一下，NPT系综里P设为负值代表什么意思？我用Discover 跑完NPT之后，P变为负值，不知道是怎么回事?能不能帮忙分析一下
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7楼2014-05-08 18:58:47
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huiminchlq2楼
2013-07-01 06:55   回复  
lucaca: 金币+1 2013-07-02 00:12:42
4343791233楼
2013-07-01 09:59   回复  
lucaca: 金币+1 2013-07-02 00:12:47
好 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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