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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)


[交流] 怎样在Forcite模块得到较低密度的体系

Forcite模块的动力学计算部分有好多系综,可以通过NPT等给体系施加一定压力,达到自己想要的密度。
但如果体系的目标密度很低(如0.01g/cc),即体系孔隙率很大,这个密度应该怎么得到呢?
我的想法是在NPT系综里对P取负值,刚才模拟了一个小的动力学,可以使体系密度降低,但这样做到底可不可取呢?
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klaus1987

铜虫 (小有名气)


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lucaca: 金币+1 2013-07-01 22:38:33
lucaca: 金币+5 2013-07-02 00:13:14
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-02 18:38:29
在Amorphous Cell 建立盒子的时候可以设定密度。结构优化的时侯可以不勾选优化盒子,这样密度就不会变化。动力学模拟如果是NPT的话,密度肯定是变化的,因为盒子的大小在变。NVT动力学的话,密度就是不变的了,因为盒子的体积不变。
4楼2013-07-01 15:26:09
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lucaca

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by klaus1987 at 2013-07-01 15:26:09
在Amorphous Cell 建立盒子的时候可以设定密度。结构优化的时侯可以不勾选优化盒子,这样密度就不会变化。动力学模拟如果是NPT的话,密度肯定是变化的,因为盒子的大小在变。NVT动力学的话,密度就是不变的了,因为 ...

对,是这样的,如果一直使用NVT系综而不使用别的系综,那使用Forcite模块计算amorphous聚合物的结果可靠不?或者说,什么样的体系适合始终用NVT进行平衡。
其实还有一点疑问,如果在NPT里将P设成负压,跑出来的结果可不可靠?昨天简单跑了一个模型,可以将体系密度减小,但不是特别清楚计算结果的准确性
5楼2013-07-01 22:46:12
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klaus1987

铜虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by lucaca at 2013-07-01 22:46:12
对,是这样的,如果一直使用NVT系综而不使用别的系综,那使用Forcite模块计算amorphous聚合物的结果可靠不?或者说,什么样的体系适合始终用NVT进行平衡。
其实还有一点疑问,如果在NPT里将P设成负压,跑出来的结 ...

一般来说NPT更接近实际物体所处的环境。
负压的问题,建议你看一下帮助里恒压方法的介绍,里面有原始公式,具体的我也没研究过。
6楼2013-07-02 08:57:39
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董晓阳

金虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你好,我想问一下,NPT系综里P设为负值代表什么意思?我用Discover 跑完NPT之后,P变为负值,不知道是怎么回事?能不能帮忙分析一下
7楼2014-05-08 18:58:47
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简单回复
2013-07-01 06:55   回复  
lucaca: 金币+1 2013-07-02 00:12:42
4343791233楼
2013-07-01 09:59   回复  
lucaca: 金币+1 2013-07-02 00:12:47
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