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hxppxh

木虫 (正式写手)

[交流] 分析鱼肠道细菌的种类-采样和保存问题 已有3人参与

我大概要取2-300百条鱼的肠道细菌。
(1)器具的处理问题。我打算用一次性的刀柄和刀片解剖鱼,但是镊子和剪刀重复使用,每次使用后用75%的酒精处理可以吗?有没有更好的处理方法?

采样问题:
很多文献上说先把肠道内容物挤出来(取肠道细菌),然后用PBS或者盐水洗3次(取肠壁细菌)。
(2) 请问一般怎么洗肠壁?是把1条鱼的肠分3次放到放3管溶液?

样品保存问题
很多人说保存在-20或者-80度。
我采样在渔场采,那里有-20度冰箱。
(3) 在渔场采样需要一周多的时间,从那里到实验室需要一天时间,我打算用95%酒精保存,不知道是否可行?
(4) 肠壁细菌如何采样和保存呢?

DNA 提取。
我有几百条鱼,还没有最后决定用多少条鱼。提取方法打算用CTAB方法提取。
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开云者

铜虫 (正式写手)

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laozuzunzhe: 金币+4, good! 2013-06-23 21:53:52
这个好弄,首先你不必担心污染,顶多放个酒精灯在旁边就行。你把肠子取出后,两端剪开,用两个镊子挤到2或者1.5mlEP管中就行,因为肠道中的菌很多,所以空气中细菌基本忽略了,再加上旁边有酒精灯,所以不必担心污染。提DNA是试剂盒首选德国QIAGEN的粪便试剂盒(忘记货号了),大约1500元,建议你把粪便弄到2ml管里(看说明书就知道为什么了),保存的-20没有任何问题。
挥霍不起青春
2楼2013-06-23 16:49:20
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普通回帖

hxppxh

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 开云者 at 2013-06-23 16:49:20
这个好弄,首先你不必担心污染,顶多放个酒精灯在旁边就行。你把肠子取出后,两端剪开,用两个镊子挤到2或者1.5mlEP管中就行,因为肠道中的菌很多,所以空气中细菌基本忽略了,再加上旁边有酒精灯,所以不必担心污染 ...

肠壁细菌怎么取呢?
肠道内容物可以保持在酒精里吗?
3楼2013-06-24 00:30:34
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开云者

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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3楼: Originally posted by hxppxh at 2013-06-24 00:30:34
肠壁细菌怎么取呢?
肠道内容物可以保持在酒精里吗?...

肠壁细菌?这个我不太懂。内容物不放到酒精里,直接放到2ml的EP管中就行
挥霍不起青春
4楼2013-06-24 09:15:29
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hxppxh

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 开云者 at 2013-06-24 09:15:29
肠壁细菌?这个我不太懂。内容物不放到酒精里,直接放到2ml的EP管中就行...

可能采样后一个月才提DNA,而且,运输过程中没有冰箱可放.....只放EP管中行吗?
5楼2013-06-24 10:54:20
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开云者

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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5楼: Originally posted by hxppxh at 2013-06-24 10:54:20
可能采样后一个月才提DNA,而且,运输过程中没有冰箱可放.....只放EP管中行吗?...

这都不是问题,两个月后提DNA也行,最后弄几个冰袋在运输过程中,如果时间短也没事,放EP管就行
挥霍不起青春
6楼2013-06-25 10:12:09
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hxppxh

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 开云者 at 2013-06-25 10:12:09
这都不是问题,两个月后提DNA也行,最后弄几个冰袋在运输过程中,如果时间短也没事,放EP管就行...

多少时间算短?
路上要花24个小时!
7楼2013-06-26 11:03:22
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爱睡猪

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
肯定要迅速给低温环境啊 就那样放着 菌群结构会改变的
ControlMyself
8楼2013-06-27 09:42:40
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hxppxh

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 爱睡猪 at 2013-06-27 09:42:40
肯定要迅速给低温环境啊 就那样放着 菌群结构会改变的

采样后多长时间之内要放到-20度?
-20度放了几天后,像楼上说的,运输时放冰袋在箱子里,运输10多个小时,对后续结果和DNA提取有影响吗?
9楼2013-06-27 10:26:29
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开云者

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by hxppxh at 2013-06-27 10:26:29
采样后多长时间之内要放到-20度?
-20度放了几天后,像楼上说的,运输时放冰袋在箱子里,运输10多个小时,对后续结果和DNA提取有影响吗?...

这都是不是问题,粪便里菌很多,半天时间吧,到不影响,10小时 没事
挥霍不起青春
10楼2013-06-28 09:35:01
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